طراحی، مدلینگ، داکینگ و شبیه سازی دینامیک مولکولی یک فیوژن پپتید با توانایی اتصال به فاکتور رشد پروتئین های مورفوژنتیک استخوان
محل انتشار: فصلنامه زیست فناوری، دوره: 16، شماره: 2
سال انتشار: 1404
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 81
فایل این مقاله در 13 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_BIOT-16-2_002
تاریخ نمایه سازی: 31 تیر 1404
چکیده مقاله:
امروزه، مهندسی بافت استخوان راهکارهای ویژهای جهت ترمیم بافت استخوانی بواسطه ترکیب مواد زیستی به همراه یک داربست، جهت فراهم سازی سلولهای مناسب جهت استخوانسازی و فاکتورهای رشد به وجود آورده است. در این تحقیق، با روشهای بیوانفورماتیکی پپتید فیوژنی طراحی شد که می تواند به فاکتورهای رشد دخیل در ترمیم بافت استخوان متصل و منجر به به دام انداختن این فاکتورها در محل ضایعه گردد. در این مطالعه در پپتید طراحی شده دمین متصل شونده به هپارین قرار داده شد و این پپتید با کمک داکینگ با فاکتور رشد در حالت های مونومر و دایمر کمپلکس گردید. ساختارهای کمپلکس بر اساس کمترین امتیاز حاصل شده که به ترتیب شامل ۱۱۱۷- و ۹۱۲.۵- بود انتخاب شدند. با توجه به نتایج داکینگ و شبیه سازی دینامیک مولکولی، این فیوژن پپتید قادر به اتصال به فاکتور رشد پروتئین های مورفوژنتیک استخوان میباشد. بر اساس نتایج شبیه سازی برخلاف پپتید در حالت مونومر، تغییرات نمودار RMSD کمپلکس پپتیدی در حالت دایمر بعد از ۱۰ نانو ثانیه از زمان شبیهسازی به ثبات رسیده و تا پایان شبیهسازی ثبات خود را حفظ کرده است. این نتایج نشان می دهد که کمپلکس حاصل در حالت دایمر در اتصال به فاکتور رشد با توجه به بررسی میزان فاکتور RMSD دارای الگوی بهتری از پایداری نسبت به حالت مونومر می باشد.
کلیدواژه ها:
Peptide fusion ، Growth factor ، Docking ، Molecular dynamics simulation ، Heparin ، فیوژن پپتید ، فاکتور رشد ، داکینگ ، شبیه سازی دینامیک مولکولی ، هپارین
نویسندگان
مینا بحری
Department of academic affairs, Imam khomeini hospital complex, Tehran university of medical sciences, Tehran, Iran
صادق حسن نیا
Department of biochemistry, Faculty of biological sciences, Tarbiat modares university, Tehran, Iran
علیرضا شیری همدانی
Department of academic affairs, Imam khomeini hospital complex, Tehran university of medical sciences, Tehran, Iran
سودابه عسکری
Applied Razi Biotechnology, Kermanshah, Iran
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
