طراحی RNA راهنما به منظور تشخیص سالمونلا تیفیموریوم مبتنی بر کریسپر-Cas۱۲

سال انتشار: 1404
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 16

فایل این مقاله در 14 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

JR_BIOT-16-2_007

تاریخ نمایه سازی: 31 تیر 1404

چکیده مقاله:

روش های شناسایی مبتنی برکریسپر، به عنوان یک رویکرد تحول آفرین درجهت تشخیص ژن های پاتوژن ها مورداستفاده قرار میگیرد. دراین راستا اولین گام طراحیRNA راهنما (gRNA) بااستفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی است. gRNA  در سیستم های کریسپری جزئی است که منجر به شناسایی هدف، استقرار کمپلکس کریسپری روی آن و فعال شدن عملکرد برشی Cas می گردد. هدف از تحقیق حاضر طراحی gRNA برای شناسایی سه ژن invA، fimA و fimY از سالمونلا تیفیموریوم به منظور استفاده در کیت تشخیص این باکتری است. در این تحقیق از دو نرم افزار chop chop (ورژن ۳) و cas designer (ورژن ۲۰۱۶) برای این طراحی استفاده شد و ساختار ثانویه توالی های طراحی شده توسط نرم افزار RNA Fold بررسی گردید. با توجه به برنامه ریزی جهت تکثیر اولیه ژن مورد نظر با روش ایزوترمال LAMP، پرایمرهای مربوطه توسط ابزار برخط NEB LAMP Primer Designer طراحی شد. همچنین طراحی RNA راهنما با در نظر گرفته شدن پروتئین Cas۱۲a به منظور استفاده در کمپلکس کریسپر، انجام گرفت. برای اطمینان بیشتر از طراحی صورت گرفته، توالی بدست آمده از دو نرم افزار با یکدیگر مقایسه و نتایج با بهره گیری از پایگاه داده  RNA Fold، تفسیر شدند تا بهترین توالی برگزیده گردد. در نهایت برای هر کدام از اهداف ژنی، بهترین توالی انتخاب و برای مسیر تشخیصی بعدی مبتنی بر LAMP و کریسپر-Cas۱۲، پیشنهاد داده شد. درنتیجه با استفاده از مطالعات شبیه سازی در طراحیgRNA  و با به کارگیری توالی های حاصله، تشخیص ژنوم پاتوژن در غذاهای آلوده، بصورت دقیق و بدون جواب مثبت کاذب، قابل حصول است.

نویسندگان

زهرا مردشتی

Department of Biological Sciences, Faculty of Passive Defense, Malek Ashtar University of Technology, Tehran, Iran.

مهدی زین الدینی

Department of Biological Sciences, Faculty of Passive Defense, Malek Ashtar University of Technology, Tehran, Iran.

علی رضا سعیدی نیا

Department of Biological Sciences, Faculty of Passive Defense, Malek Ashtar University of Technology, Tehran, Iran.

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Wang, J. Y., & Doudna, J. A. (۲۰۲۳). CRISPR technology: ...
  • Isaacson, W. (۲۰۲۱). The code breaker: Jennifer Doudna, gene editing, ...
  • Zhu, H., & Liang, C. (۲۰۱۹). CRISPR-DT: designing gRNAs for ...
  • Yang, Y., Wang, D., Lü, P., Ma, S., & Chen, ...
  • Leung, R. K. K., Cheng, Q. X., Wu, Z. L., ...
  • Hillary, V.E., Ceasar, S.A. (۲۰۲۳) A review on the mechanism ...
  • Jiang, H., Wu, Q., Zhao, Q., Liu, K., Bo, Q., ...
  • El-Tholoth, M., Bau, H.H., Song, J. (۲۰۲۱) A single and ...
  • Shoushtari, M., Zeinoddini, M., Fathi, J., Alikhani, H. K., & ...
  • Ownagh, A., Etemadi, N., Khademi, P., Tajik, H. (۲۰۲۳) Identification ...
  • Zeinoddini, M. (۲۰۲۱). Genome-based Detection of Novel Coronavirus: An Overview ...
  • Lee, S. Y., & Oh, S. W. (۲۰۲۳). Lateral flow ...
  • Fulga, T.A., Knapp, D.J.H.F., Ferry, Q.R.V. CRISPR quide RNA design: ...
  • Optimization for Rapid Detection of Staphylococcus aureus using Real-time LAMP [مقاله ژورنالی]
  • Mousavi, S. M., Zeinoddini, M., Saeeidinia, A. R., & Xodadadi, ...
  • Aman, R., Marsic, T., Sivakrishna Rao, G., Mahas, A., Ali, ...
  • Ali, Z., Aman, R., Mahas, A., Rao, G. S., Tehseen, ...
  • Atçeken, N., Yigci, D., Ozdalgic, B., & Tasoglu, S. (۲۰۲۲). ...
  • Lee, S., Nam, D., Park, J. S., Kim, S., Lee, ...
  • Zhang, G., Zhang, L., Tong, J., Zhao, X., & Ren, ...
  • Zeinoddini, M., Monazah, A., & Saeedinia, A. R. (۲۰۱۷). Comparison ...
  • Augustine, R., Hasan, A., Das, S., Ahmed, R., Mori, Y., ...
  • Moehling, T. J., Choi, G., Dugan, L. C., Salit, M., ...
  • Rezaei, M., Razavi Bazaz, S., Morshedi Rad, D., Shimoni, O., ...
  • An, B., Zhang, H., Su, X., Guo, Y., Wu, T., ...
  • Awang, M. S., Bustami, Y., Hamzah, H. H., Zambry, N. ...
  • Shao, N., Han, X., Song, Y., Zhang, P., & Qin, ...
  • Sun, H., Wan, Y., Du, P., & Bai, L. (۲۰۲۰). ...
  • Crone, M. A., MacDonald, J. T., Freemont, P. S., & ...
  • نمایش کامل مراجع