ورود
مقالات فارسیISIکنفرانسهاژورنالها

مطالعه نظری ماهیت و قدرت برهمکنش نوکلئوبازهای متیله شده DNA با مایع های یونی

محل انتشار: فصلنامه شیمی و مهندسی شیمی ایران، دوره: 41، شماره: 2
سال انتشار: 1401
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 59

فایل این مقاله در 25 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:
https://civilica.com/doc/2273102

شناسه ملی سند علمی:

JR_NSMSI-41-2_020

تاریخ نمایه سازی: 7 خرداد 1404

چکیده مقاله:

در این پژوهش، برهمکنش نوکلئوبازهای متیله شده آدنین (m-A)، گوانین (m-G)، سیتوزین (m-C) و تیمین (m-T) با پنج مایع یونی (IL) ([۴BF][Bmim]، [۴BF][BPy]، [۴BF][Ch]، [COO۳CH][Bmim] و [COO۳CH][Bpy]) با استفاده از نظریه تابعی چگالی (DFT) در سطح نظری X۰۶-۲M و مجموعه پایه G(d,p) ++۶-۳۱۱ مورد بررسی قرار گرفت. در این پژوهش، ماهیت و قدرت برهمکنش بین نوکلئوبازهای متیله شده و مایع های یونی با استفاده از چهار روش تجزیه و تحلیل اوربیتال پیوندی طبیعی (NBO)، اتم­ها در مولکول ها(AIM) ، سطح­ های گرادیان دانسیته کاهش یافته (RDG) و آنالیز تجزیه انرژی (EDA) مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. نتیجه این پژوهش نشان داد که برهمکنش بین نوکلئوبازهای متیله شده و مایع های یونی دارای ماهیت الکترواستاتیک بوده و عمدتا از روش پیوندهای هیدروژنی است. همچنین به منظور پی بردن به قدرت برهمکنش مایع های یونی و نوکلئوبازهای متیله شده، مقدار انرژی پیوندی  ( ) برای کمپلکس ­های مایع یونی...نوکلئوباز متیله شده مورد ارزیابی قرار گرفت. نتیجه محاسبه هایDFT  نشان داد که قدرت برهمکنش نوکلئوبازهای متیله شده با مایع های یونی دارای ترتیب m-G…IL > m-C…IL > A…IL > m-T…IL است.

کلیدواژه ها:

نویسندگان

مهدی شکوریان فرد

گروه مهندسی شیمی، دانشگاه صنعتی بیرجند، بیرجند، ایران

حمیدرضا قناعتیان

گروه فیزیک، دانشگاه جهرم، جهرم، ایران

مرتضی گل محمدی

گروه مهندسی شیمی، دانشگاه صنعتی بیرجند، بیرجند، ایران

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Pratviel G., Bernadou J., Meunier B., Carbon—Hydrogen Bonds of DNA ...
  • Putnam D., Polymers for Gene Delivery Across Length Scales, Nat. ...
  • De Pasquale R.J., Uracil. A perspective, Ind. Eng. Chem. Prod. ...
  • منصوری ترشیزی ح.، جهانگیری س.، بابایی زارچ م.، خدابخشی کنگان ...
  • Ouchen F., Gomez E., Joyce D., Yaney P., Kim S., ...
  • Amo-Ochoa P., Zamora F., Coordination Polymers with Nucleobases: From Structural ...
  • Banks J.F., Whitehouse C.M., Electrospray Ionization Mass Spectrometry of RNA ...
  • McCleverty J.A., Meyer T.J., “Comprehensive Coordination Chemistry II: From Biology ...
  • Zhao H., DNA Stability in Ionic Liquids and Deep Eutectic ...
  • Zielenkiewicz W., Poznański J., Zielenkiewicz A., Partial Molar Volumes of ...
  • Cardoso L., Micaelo N.M., DNA Molecular Solvation in Neat Ionic ...
  • Maksić Z.B., Kovačević B., Spatial and Electronic Structure of Highly ...
  • Kaljurand I., Saame J., Rodima T., Koppel I., Koppel I.A., ...
  • Dasari S., Mallik B.S., Biosolvation Nature of Ionic Liquids: Molecular ...
  • Hu X., Zhang B., Dong S., Gao Y., Modification of ...
  • Welton T., Room-Temperature Ionic Liquids. Solvents for Synthesis and Catalysis, ...
  • کوثری م.ح.، گنج خانلو ا.، ساختار و ویژگی های ترمودینامیکی ...
  • Yang Z., Pan W., Ionic liquids: Green Solvents for Nonaqueous ...
  • Berthod A., Ruiz-Angel M., S. Carda-Broch, Ionic Liquids in Separation ...
  • Pârvulescu V.I., Hardacre C., Catalysis in Ionic Liquids, Chem. Rev., ...
  • Sureshkumar M., Lee C. K., Biocatalytic Reactions in Hydrophobic Ionic ...
  • Ferreira I.M.P.L.V.O., Mendes E., Gomes A.M.P., Faria M.A., Ferreira M.A., ...
  • Blanco López S.L.a., Moal J., San Juan Serrano F., Development ...
  • Hua J., Polyakova Y., Row K., Effect of Concentration of ...
  • Zhang W.-Z., He L.-J., Liu X., Jiang S.-X., Ionic Liquids ...
  • Yi H., Yao S., Song H., Application of Ionic Liquids ...
  • Jin C.H., Koo Y.M., Choi D.-K., Row K.H., Effect of ...
  • Nguyen A.L., Luong J.H.T., Masson C., Determination of Nucleotides in ...
  • Vijayaraghavan R., Izgorodin A., Ganesh V., Surianarayanan M., MacFarlane, D.R. ...
  • Chandran A., Ghoshdastidar D., Senapati S., Groove Binding Mechanism of ...
  • Araújo J.M.M., Ferreira R., Marrucho I.M., Rebelo L.P.N. Solvation of ...
  • Araújo J.o.M., Pereiro A.B., Canongia Lopes J.N., Rebelo L.P., Marrucho ...
  • Norman S.E., Turner A.H., Holbrey J.D., Youngs T.G., Solvation Structure ...
  • Jumbri K., Micaelo N.M., M.B. Abdul Rahman, Solvation Free Energies ...
  • Dasari S., Mallik, B.S., Association of Nucleobases in Hydrated Ionic ...
  • Bash P., Singh U., Langridge R., Kollman P., Free Energy ...
  • Young P.E., Hillier I.H., Hydration Free Energies of Nucleic Acid ...
  • Orozco M., Colominas C., Luque F.J., Theoretical Determination of the ...
  • Mir S.H., Yadav V.K., Singh J.K., Boron–Carbon–Nitride Sheet as a ...
  • Frisch M.J., Trucks G.W., Schlegel H.B., Scuseria G.E., Robb Ma., ...
  • Zhao Y., Truhlar D. G., The M۰۶ Suite of Density ...
  • Zhao, Y., Schultz, N.E. & Truhlar, D.G., Design of Density ...
  • Walker M., Harvey A.J., Sen A., Dessent C.E., Performance of ...
  • Lemke K.H., Seward T.M., Thermodynamic Properties of Carbon Dioxide Clusters ...
  • Izgorodina E.I., Bernard U.L., MacFarlane D.R., Ion-Pair Binding Energies of ...
  • Wu C., De Visscher A., Gates I.D., Molecular Interactions Between ...
  • Wu C., De Visscher A., Gates I.D., Interactions of Biodegradable ...
  • Roohi H., Ghauri K., Influence of Various Anions and Cations ...
  • Marekha B.A., Kalugin O.N., Idrissi A., Non-Covalent Interactions in Ionic ...
  • Zahn S., MacFarlane D.R., Izgorodina E.I., Assessment of Kohn–Sham Density ...
  • Garcia G., Atilhan M., Aparicio S., Assessment of DFT Methods ...
  • Boys S.F., Bernardi F.d., The Calculation of Small Molecular Interactions ...
  • Housaindokht M.R., Sargolzaei M., Bozorgmehr M.R., Ab Initio Study of ...
  • Bader R.F.W., “Atoms in Molecules: A Quantum Theory”, Clarendon Press: ...
  • Bader R., Biegler-König F., Schönbohm J., AIM۲۰۰۰ Program Package, Ver. ...
  • Lu T., Chen F., Multiwfn: A Multifunctional Wavefunction Analyzer, J. ...
  • Mulder F., Van-Hemert M., Wormer P.E., A. van der Avoird, ...
  • Bickelhaupt F.M., Baerends E.J., Density Functional Theory: Predicting and Understanding ...
  • Morokuma K., George T.F, Ab Initio Calculations of Potential Energy ...
  • Baerends E.J., Ziegler T., Autschbach J., Bashford D., Bérces A., ...
  • Te-Velde G.t., Bickelhaupt F.M., Baerends E.J., Fonseca-Guerra C., van-Gisbergen S.J., ...
  • Shakourian-Fard M., Fattahi A., Bayat A., Ionic Liquid Based on ...
  • Shakourian-Fard M., Jamshidi Z., Bayat A., Kamath G., Meta-Hybrid Density ...
  • Shakourian-Fard M., G. Kamath, Z. Jamshidi, Trends in Physisorption of ...
  • Johnson E.R., Keinan S., Mori-Sánchez P., Contreras-García J., Cohen A.J., ...
  • Contreras-García J., Johnson E.R., Keinan S., Chaudret R., Piquemal J.-P., ...
    • نمایش کامل مراجع