مدل سازی شبکه ی متابولیکی میکروارگانیسم سودوموناس ائروجینوزا

در این مقاله یک شبکه ی متابولیکی، در بردارنده ی مسیرهای متابولیکی مرکزی سودوموناس ائروجینوزا در شرایط بی هوازی ارایه شده است. به منظور تایید دقت مدل، پیش بینی های مدل با نتیجه های تجربی به دست آمده از کار دیگر پژوهشگران مقایسه شده است. برای دست یابی به این مهم، از برنامه ریزی خطی برای بهینه سازی معادله های حاکم بر سامانه استفاده شد. تابع هدف برای بررسی درستی مدل، نرخ ویژه رشد این میکروارگانیسم بوده است. طبق پیش بینی های مدل با این تابع هدف، مسیرهای انتنردودورف و پنتوز فسفات برای فروساخت گلوکز فعال بودند. هم چنین چرخه ی تری کربوکسیلیک اسید به طورکامل انجام نمی شد. در صورتی که مقدارهای بهینه تولیدی کوفاکتورهای ATPو NADPH به عنوان تابع هدف در نظر گرفته شوند مسیر پنتوز فسفات و در صورتی که تولید بیشینه ی NADH مورد نظر باشد مسیر انتنردودورف مسیرفعال می باشد. پیش بینی های مدل در مقایسه با اندازه گیری های آزمایشی دارای خطای نسبی کمتر از ۱۰ درصد بوده است. این میزان خطای کم، نشان دهنده ی قابل اعتماد بودن مدل بوده و امکان کاربرد آن را در پژوهش های آتی فراهم می کند.

کلیدواژه ها:

شبکه های متابولیکی ، آنالیز شار متابولیکی ، سودوموناس ائروجینوزا ، بهینه سازی نرخ رشد ویژه