مدل سازی ساختمان سه بعدی آنزیم کتکول 1 و 2 دی اکسیژناز از سویه بومی تجزیه کننده فنل

کتکول در نتیجه تجزیه بسیاری از ترکیبات آلاینده اروماتیک نظیر فنل، تولوئن، استیرن، بنزن، آنیلین، فتالات و مشتقات آنها به صورت یک ترکیب حد واسط شکل می گیرد. همچنین سمیت کتکول از فنل نیز بیشتر و لذا حذف آن از آلاینده ها از اهمیت بسیار بالایی برخوردار است. آنزیم کتکول 1 و 2 دی اکسیژناز، یکی از آنزیم های اصلی تجزیه فنل از مسیر اورتو است. این آنزیم با شکستن حلقه کتکول سمیت آن را به میزان قابل توجهی کاهش می دهد. در این پژوهش توالی آمینواسیدی آنزیم کتکول 1 و 2 دی اکسیژناز با توجه به توالی نوکلئوتیدی آن در یک سویه بومی تجزیه کننده فنل به دست آمد و پس از یافتن شبیه ترین پروتئین، توسط نرم افزار ClustalW، فایل همترازی آنها حاصل گردید و ت وسط نرم افزار Modeller مورد بررسی قرار رفت. این بررسی ها وجود 5 مارپیچ آلفا و 14 رشته بتا در این پروتئین را نشان می دهد. (RMS(Root Mean Square آن با استفاده از نرم افزار pdbViewer، 0/14 محاسبه گردید.

کلیدواژه ها:

کتکول 1 و 2 دی اکسیژناز ، مدل سازی ساختمان سوم ، Rhodococcus sp ، نرم افزار Modeller