طراحی و ارزیابی این سیلیکو آغازگرهای اختصاصی ژن HBZ ویروس HTLV-۱ جهت راه اندازی روش semi-nested PCR

چکیده سابقه و هدف  ویروس لنفوتروپیک سلول T انسانی نوع ۱ (HTLV-۱)، تنها رتروویروس سرطان زای انسانی است که با بیماری هایی نظیر لوسمی/ لنفوم سلول T بالغین (ATL) و فلج اسپاستیک گرمسیری مرتبط می باشد. روش های سرولوژیکی مانند الایزا و وسترن بلات، ابزارهای رایجی برای تشخیص این ویروس هستند اما محدودیت هایی دارند. روش های مبتنی بر PCR با شناسایی مستقیم ماده ژنتیکی ویروس، حساسیت بالاتری ارائه می دهند. ژن HBZ ، که توسط رشته منفی پروویروس HTLV-۱ کد می شود، نقش مهمی در سرطان زایی دارد و برخلاف سایر ژن های ویروسی، دچار جهش های مداوم نمی شود. در این مطالعه، ژن HBZ برای طراحی آغازگرهای اختصاصی و توسعه آزمایش semi-nested PCR بررسی شد. مواد و روش ها در یک مطالعه مقطعی، توالی ژن HBZ از ایزوله های گوناگون ویروس از پایگاه داده NCBI استخراج شد و با نرم افزار MEGA۶ هم ردیف گردید. طراحی آغازگر از ناحیه محافظت شده مشترک بین تمامی سویه ها انجام شد. جهت ارزیابی آغازگرها از نرم افزارهای OligoAnalyzer و SnapGene استفاده گردید. در مرحله آزمایشگاهی، DNA ژنومی استخراج شده از نمونه های خون، مورد واکنش semi-nested PCR قرار گرفت و محصولات حاصل با روش الکتروفورز ژل آگارز ارزیابی گردید. یافته ها طراحی آغازگرهای ژن HBZ با استفاده از نرم افزارهای بیوانفورماتیکی به طور موفقیت آمیزی انجام شد. نتایج ارزیابی های این سیلیکو پس از سنتز و آزمایش آغازگرهای طراحی شده، در آزمایشگاه تایید شد و با نتایج پیش بینی شده بیوانفورماتیکی یکسان بودند. نتیجه گیری طراحی آغازگرهای ژن HBZ و توسعه آزمایش semi-nested PCR با موفقیت انجام شد. نتایج آزمایشگاهی، پیش بینی های بیوانفورماتیکی را تایید کرده و کارآیی این روش را برای تشخیص دقیق و سریع ویروس نشان داد.

کلیدواژه ها:

HTLV-۱ ، Nested PCR ، Leukemia ، Nested PCR ، HTLV-۱ ، لوسمی