شناسایی نشانگرهای مولکولی ریزماهواره حاصل از داده کاوی ترانسکریپتوم گیاه دارویی هندوانه ابوجهل (Citrullus colocynthis)

سابقه و هدف: تکنولوژی توالی یابی نسل بعدی (NGS) فرصتی را برای تجزیه و تحلیل نشانگر مولکولی ریزماهواره که به ژن های مسیرهای بیوشیمیایی مرتبط است، ارائه می دهد. نشانگرهای مولکولی ریزماهواره روشی قدرتمند برای درک تنوع ژنتیکی هستند. در این مطالعه، از توالی یابی ترانسکریپتوم گیاه دارویی هندوانه ابوجهل (Citrullus colocynthis) برای اولین بار جهت شناسایی نشانگرهای ریزماهواره استفاده شد.مواد و روش: در این پژوهش از داده های مطالعه توالی یابی ترانسکریپتوم میوه گیاه دارویی هندوانه ابوجهل که تعداد ۸۳۸۰۷ توالی نوپدید ایجاد کرده بود، استفاده شد. مجموعه رونوشت های هم گذاری شده گیاه هندوانه ابوجهل برای تعیین فراوانی و توزیع ریزماهواره ها بررسی شدند. ما نشانگرهای ریزماهواره را با استفاده از یک ابزار شناسایی قوی و فوق سریع با رابط گرافیکی کاربر پسند برای بررسی گسترده ژنوم ریزماهواره ها، به نام Krait v۱.۵.۱ جست وجو کردیم. هم چنین آغازگرهای اختصاصی نشانگرهای ریزماهواره شناسایی شده توسط نرم افزار Krait طراحی گردید و به صورت فایل Fasta ذخیره شد. برای تفسیر کارکردی بلاست ایکس و مقایسه شباهت ژنی توسط نرم افزار Venny توالی های دارای ریزماهواره ترانسکریپتوم هندوانه ی ابوجهل علیه توالی های نوکلئوتیدی پنج ژنوم مرجع شامل یونی پرات (Uniprot)، آرابیدوپسیس (Arabidopsis thaliana (Atha)))، هندوانه گرد ((Clan) Citrullus lanatus ))، خیار چنبر تلخ((Mcha)Momordica charantia )) و هندوانه چارلستون گری ((WCG) Citrullus lanatus Charleston Gray)) با مقادیر خطای (E-Value) کم تر از یک صد هزارم (۱۰e-۵) بلاست شدند. در تفسیر کارکردی دیگر توالی تک ژن های حاوی ریزماهواره در سرور تفسیر اتوماتیک (KEGG http://www.Genome.Jp/kegg/kaas) بارگذاری شده و با استفاده از شناسه های اختصاصی (KO KEGG Orthology) تفسیر شدند. روش اجرایی شناسه های اختصاصی KO بر اساس روش تک راهنمای شناسایی بهتر

کلیدواژه ها:

تیره کدوئیان ، طراحی آغازگر ، گیاه دارویی ، نشانگر مولکولی ، نقشه ژنتیکی