چالش های شناسایی قارچ های بیمارگر گیاهی بر اساس توالی های پایگاه داده های ژنتیکی

شناسایی سریع و دقیق قارچ ها از چالش هایی است که پژوهشگران همواره با آن درگیرند. ریشه اصلی این چالش را می توان در ساختارهای ریخت شناختی و بوم شناختی نسبتا مبهم قارچ ها و به ویژه قارچ های بیمارگر گیاهی، اشکال غیرجنسی، مخمرها، و آن هایی که در قارچ شناسی پزشکی مهم هستند جست وجو کرد. به همین سبب پژوهشگران برای شناسایی از روش های زمان بر و پرزحمتی که می تواند شامل؛ کشت، رمزینه گذاری دی ان ای و واکاوی فیلوژنتیکی باشد استفاده می کنند. در رمزینه گذاری دی ان ای از یک توالی کوتاه ژنتیکی، بخشی استاندارد از ژنوم (نشانگر دی ان ای)، برای شناسایی گونه ها استفاده می شود. مناسب ترین ژن شناخته شده برای این کار در قارچ های حقیقی، فواصل ترانویسی شده داخلی (آی تی اس) است. با مقایسه این توالی با توالی های موجود در مخازن توالی و پایگاه های داده ویژه، شناسایی صورت می گیرد؛ این شناسایی با چالش هایی روبه رو است که می توان آن ها را به دو گروه تقسیم کرد؛ گروه اول مشکلات روش ها و رویکردهای شناسایی هستند، مثل وضوح کم یا قدرت تفکیک کم بازهای آلی، وجود احتمالی نسخه های ناهمگون آی تی اس در ژنوم و تنوع درون ژنومی سیسترون دی ان ای ریبوزومی، ازجمله ناحیه آی تی اس؛ و گروه دوم مشکلات و نواقص پایگاه های داده مرجع هستند؛ گاهی داده های مرجع مربوط به یک قارچ ناقص اند و یا توالی ها به طور نامناسب و اشتباه نام گذاری شده اند. در این نوشتار راه بردهای مهم برای بهبود شناسایی مولکولی قارچ ها بحث شده است.

کلیدواژه ها:

آران ای ریبوزومی ، توالی یابی دی ان ای ، رمزینه گذاری دی ان ای ، فواصل ترانویسی شده داخلی (آی تی اس) ، فیلوژنی چندژنی