چالش های شناسایی قارچ های بیمارگر گیاهی بر اساس توالی های پایگاه داده های ژنتیکی

شناسایی سریع و دقیق قارچ ها از چالش هایی است که پژوهشگران همواره بدان را درگیر دارد. رشته ای اصلی این چالش می توان در ساختارهای ریخت شناسی و ویژگی های بیوشناختی نسبتا ناچیز قارچ ها جستجو کرد. این امر به ویژه در قارچ های بیمارگر گیاهی، آنالیز جدایه های متعدد در محدوده گونه های بسیار نزدیک را دشوار می سازد. از روش های مولکولی می توان به مطالعه توالی دی ان ای و تعیین توالی ژن های فیلوژنتیکی مهم اشاره کرد که می تواند شناسایی دقیق تری را فراهم آورد. از یک توالی ژنتیکی حقیقی، فواصل ترانویسی داخلی دایرانی (ITS) برای شناسایی گونه ها استفاده می شود. مناسب ترین زون های شناخته شده برای این کار یک توالی ژنتیکی حقیقی فواصل ترانویسی داخلی دایرانی (ITS) است. با این حال، یک محدودیت دیگری نیز در برخی گروه ها صورت می گیرد، و گاه محدودیت های دیگری مانند بانک ژن، و فواصل حفاظت شده ژنتیکی وجود دارد. این مقایسه توالی های موجود در پایگاه داده های ژنتیکی با توالی ها می تواند به گروه اول روبرو کرد. تقسیم گروه اول مشکلات روش ها و رویکردهای شناسایی هستند مثل وضوح کم و نقص تفکیک پاره های احتمالی نسخه های ناهمگون آی تی اس در ژنوم درون زایی نواحی دایرانی ریبوزومی، به ویژه ناحیه آی تی اس، گروه دوم مشکلات و پایگاه داده های مرجع هستند. گاهی داده های مرجع مربوط به یک قارچ نا مطمئن و نا کارآمد به پایگاه داده های ژنتیکی ثبت شده اند. این پژوهشگران برای بهبود شناسایی مرجع برای مطالعات ژنتیکی تحت بررسی است.

کلیدواژه ها:

ارزیابی ریبوزومی ، توالی یابی دایرانی ، رمزگذاری دایرانی ، فواصل ترانویسی داخلی (آی تی اس) ، فیلوژنتیک