همسانه سازی، تعیین توالی و بررسی بیوانفورماتیک ژن CYP۸۱Q۱ رقم ایرانی کنجد
محل انتشار: فصلنامه زیست فناوری، دوره: 9، شماره: 2
سال انتشار: 1397
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 86
فایل این مقاله در 8 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_BIOT-9-2_016
تاریخ نمایه سازی: 5 دی 1403
چکیده مقاله:
اهداف: آنتی اکسیدان های موجود در روغن کنجد شامل توکوفرول ها و سزامین ماندگاری آن را در برابر حرارت بسیار افزایش داده است. به دنبال افزایش بیان ژن رمزکننده آنزیم سیتوکروم P۴۵۰ (CYP۸۱Q۱)، محتوای سزامین در مراحل مختلف توسعه دانه کنجد افزایش می یابد. هدف این پژوهش همسانه سازی، تعیین توالی و بررسی بیوانفورماتیک ژن CYP۸۱Q۱ رقم ایرانی کنجد بود.
مواد و روش ها: در پژوهش تجربی حاضر، DNA کل از برگ و ساقه های گیاه کنجد رقم کرج ۱ استخراج و ژن هدف به وسیله PCR تکثیر شد. همسانه سازی ژن CYP۸۱Q۱ در ناقل دوتایی pBI۱۲۱ انجام شد و درستی همسانه سازی به سه روش هضم آنزیمی، PCR، توالی یابی نوکلئوتیدی و خصوصیات بیوانفورماتیک این ژن مورد بررسی قرار گرفت و نمودار راماچاندران مربوط به ساختار سه بعدی این ژن رسم شد.
یافته ها: درستی همسانه سازی تایید شد. نتایج توالی یابی DNA، صحت قطعه همسانه سازی شده را تایید نمود. وزن مولکولی و نقطه ایزوالکتریک پیش بینی شده این پروتئین به ترتیب ۵۷۰۲۱/۳دالتون و ۸/۴۶ بود. ساختار سه بعدی پروتئین دارای زنجیره استروکیمی خوبی بود. نتیجه توالی یابی این ژن تفاوت در ۲۳ نوکلئوتید این ژن در کنجد رقم کرج ۱ (شماره دسترسی KP۷۷۱۹۷۴.۱) با توالی گزارش شده در بانک ژن NCBI (شماره دسترسی AB۱۹۴۷۱۴.۱) را نشان داد که منجر به ثبت توالی ژن CYP۸۱Q۱ در رقم ایرانی کنجد (کرج ۱) در این پایگاه شد.
نتیجه گیری: براساس توالی یابی نوکلئوتیدی، ژن هدف دارای ۱۵۲۱جفت باز است و در ۲۳ نوکلئوتید با نمونه ثبت شده در بانک جهانی NCBI تفاوت دارد. این ژن، پروتئینی به طول ۵۰۶ اسیدآمینه را رمز می کند. پروتئین مورد نظر بسیار شبیه با پروتئین ثبت شده در پایگاه اطلاعات NCBI است.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
صبیحه همتی
Agricultural Biotechnology Department, Agricultural & Natural Sciences Faculty, Imam Khomeini International University, Qazvin, Iran
فاطمه دهقان نیری
Agricultural Biotechnology Department, Agricultural & Natural Sciences Faculty, Imam Khomeini International University, Qazvin, Iran
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
