پیشگویی انعطاف پذیری ساختارهای پروتئینی با استفاده ماشین بردار پشتیبان
محل انتشار: فصلنامه زیست فناوری، دوره: 9، شماره: 4
سال انتشار: 1397
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 85
فایل این مقاله در 7 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_BIOT-9-4_008
تاریخ نمایه سازی: 5 دی 1403
چکیده مقاله:
اهداف: اطلاعات موجود در ساختمان پروتئین ها برای درک چگونگی فعالیت آنها بسیار مفید است. انعطاف پذیری یکی از مهم ترین فاکتورهای ساختمانی مرتبط با عملکرد پروتئین ها است. دانش درباره انعطاف پذیری ساختارهای پروتئینی، کمک بزرگی به کیفیت پیشگویی ساختمان پروتئین ها و درک عملکرد پروتئین ها می کند. مطالعه حاضر با هدف بررسی پیش گویی انعطاف پذیری ساختارهای پروتئینی با استفاده از ماشین بردار پشتیبان انجام شد.
مواد و روش ها: در مطالعه حاضر از یک مجموعه داده متعادل ۹۵ پروتئینی استفاده شد. ویژگی های استفاده شده در مطالعه حاضر برای مدل کردن اسیدآمینه ها، یک بردار ۳۳ بعدی را تشکیل داد. برخی از آنها از لغزاندن پنجره ای به طول ۱۷ با مرکزیت اسیدآمینه هدف روی زنجیره پروتئین به دست آمده اند و برخی تنها مربوط به اسیدآمینه هدف بودند. برای تعریف فاکتور انعطاف پذیری، ویژگی های مبتنی بر اطلاعات حاصل از تغییرات زوایای دووجهی، استفاده شد. این اطلاعات برای هر اسیدآمینه با درنظرگرفتن موقعیت هر اسیدآمینه به تنهایی و برای جفت اسیدآمینه های مجاور در یک پنجره هفده تایی محاسبه و برای پیشگویی از روش ماشین بردار پشتیبان استفاده شد.
یافته ها: میزان صحت ۷۳/۱%، معیار F ۷۱% دقت ۷۳% و حساسیت ۷۳/۲% به دست آمد. برتری قابل قبول روش پیشنهادی در مقایسه با روش های موجود تایید شد. نمایش زاویه ای هر پروتئین توانست به خوبی خصوصیات و ویژگی های ساختار سه بعدی پروتئین را نشان دهد.
نتیجه گیری: میزان صحت ۷۳/۱%، معیار F ۷۱% دقت ۷۳% و حساسیت ۷۳/۲% است و بهترین نگاه به بحث انعطاف پذیری، نگاه زاویه ای است. نمایش زاویه ای هر پروتئین می تواند به خوبی خصوصیات و ویژگی های ساختار سه بعدی پروتئین را نشان دهد.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
مژگان مظفری لقا
Biological Sciences Faculty, Tarbiat Modares University,Tehran, Iran
سیدشهریار عرب
Biophysics Department, Biological Sciences Faculty, Tarbiat Modares University,Tehran, Iran
جواد ظهیری
Biophysics Department, Biological Sciences Faculty, Tarbiat Modares University,Tehran, Iran
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :