آپتامر، کاربردها و طراحی آن به روش in silico

سال انتشار: 1400
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 1

فایل این مقاله در 15 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

JR_BIOT-13-1_010

تاریخ نمایه سازی: 5 دی 1403

چکیده مقاله:

آپتامرها توالی­های تک رشته RNA، DNA و یا پروتئینی با اختصاصیت بالا هستند، که به طیف وسیعی از مولکولهای هدف تمایل اتصال دارند. آپتامرها در زمینه های مختلف مخصوصا پزشکی و تشخیصی کاربرد بالایی دارند و از نظر کاربردشان مشابه آنتی­بادی ها هستند. استفاده از آپتامر به جای آنتی­بادی مزایای زیادی از جمله قیمت ارزان، طول عمر بالاتر، افزایش قدرت نفوذ به بافت و غیره می باشد. چندین روش برای تولید آپتامر وجود دارد که با روش­های in silico می­توان مراحل تولید آپتامر را کوتاه و ساده تر کرد. با مدلسازی آپتامر می­توان مجموعه­ای از روشهای in silico مثل مدلسازی، داکینک و دینامیک مولکولی را برای غربالگری و دستیابی به بهترین توالی آپتامر به کار برد. در این مقاله مروری انواع آپتامرها، ساختارها و کاربردهایشان و روشهای طراحی آن­ها در in silico به صورت مختصر بیان شده است. کلمات کلیدی: آپتامر، DNA، RNA، پروتئین، in silico

نویسندگان

معصومه کردی

Department of Biotechnology, Faculty of Life Sciences & Biotechnology, Shahid Beheshti University, Tehran, Iran. Ma_kordi@sbu.ac.ir

سارا قهرمانی

Department of Biotechnology, Faculty of Life Sciences & Biotechnology, Shahid Beheshti University, Tehran, Iran.

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • References:۱. Sabri, M.Z., Hamid, A.A.A., Hitam, S.M.S. and Rahim, M.Z.A., ...
  • Cai, S., Yan, J., Xiong, H., Liu, Y., Peng, D. ...
  • Lakhin, A.V., Tarantul, V.Z. and Gening, L., ۲۰۱۳. Aptamers: problems, ...
  • Li, B.Q., Zhang, Y.C., Huang, G.H., Cui, W.R., Zhang, N. ...
  • González, V. M., Martín, M. E., Fernández, G., & García-Sacristán, ...
  • Caroli, J., Taccioli, C., De La Fuente, A., Serafini, P. ...
  • Ueki, R., Atsuta, S., Ueki, A., Hoshiyama, J., Li, J., ...
  • Navien, T.N., Thevendran, R., Hamdani, H.Y., Tang, T.H. and Citartan, ...
  • Kang, K.N. and Lee, Y.S., ۲۰۱۲. RNA aptamers: a review ...
  • Hamada, M., ۲۰۱۸. In silico approaches to RNA aptamer design. ...
  • Ellington, A.D., and Szostak, J.W., ۱۹۹۰. In vitro selection of ...
  • Colas, P., ۲۰۰۰. Combinatorial protein reagents to manipulate protein function. ...
  • Sachdeva, S., Joo, H., Tsai, J., Jasti, B. and Li, ...
  • Baines, I.C. and Colas, P., ۲۰۰۶. Peptide aptamers as guides ...
  • Tuerk, C. and Gold, L., ۱۹۹۰. Systematic evolution of ligands ...
  • Chen, C., Zhou, S., Cai, Y. and Tang, F., ۲۰۱۷. ...
  • Ulrich, H., ۲۰۰۶. RNA aptamers: from basic science towards therapy. ...
  • Kulbachinskiy, A.V., ۲۰۰۷. Methods for selection of aptamers to protein ...
  • Marimuthu, C., Tang, T.H., Tominaga, J., Tan, S.C. and Gopinath, ...
  • Mascini, M., Palchetti, I. and Tombelli, S., ۲۰۱۲. Nucleic acid ...
  • Wang, W., Hara, S., Liu, M., Aigaki, T., Shimizu, S. ...
  • Ruscito, A. and DeRosa, M.C., ۲۰۱۶. Small-molecule binding aptamers: Selection ...
  • Khoshbin, Z., Verdian, A., Housaindokht, M.R., Izadyar, M. and Rouhbakhsh, ...
  • Hao, L., Duan, N., Wu, S., Xu, B. and Wang, ...
  • Zhao, Y.W., Wang, H.X., Jia, G.C. and Li, Z., ۲۰۱۸. ...
  • Zhang, W., Liu, Q.X., Guo, Z.H. and Lin, J.S., ۲۰۱۸. ...
  • Dhiman, A., Anand, A., Malhotra, A., Khan, E., Santra, V., ...
  • Lu, A.H., Salabas, E.E. and Schüth, F., ۲۰۰۷. Magnetic nanoparticles: ...
  • Kim, S.H., Lee, E.H., Lee, S.C., Kim, A.R., Park, H.H., ...
  • Wu, W.Y., Dai, Y.C., Li, N.G., Dong, Z.X., Gu, T., ...
  • Hamley, I.W., ۲۰۱۲. The amyloid beta peptide: a chemist’s perspective. ...
  • Palop, J.J. and Mucke, L., ۲۰۱۰. Amyloid-β–induced neuronal dysfunction in ...
  • Buglak, A.A., Samokhvalov, A.V., Zherdev, A.V. and Dzantiev, B.B., ۲۰۲۰. ...
  • Li, X., Chung, L.W. and Li, G., ۲۰۱۶. Multiscale simulations ...
  • Antipova, O.M., Zavyalova, E.G., Golovin, A.V., Pavlova, G.V., Kopylov, A.M. ...
  • Carothers, J.M., Oestreich, S.C. and Szostak, J.W., ۲۰۰۶. Aptamers selected ...
  • Hu, W.P., Lin, H.T., Tsai, J.J. and Chen, W.Y., ۲۰۱۷. ...
  • Kinghorn, A.B., Fraser, L.A., Liang, S., Shiu, S.C.C. and Tanner, ...
  • Kato, T., Takemura, T., Yano, K., Ikebukuro, K. and Karube, ...
  • Bing, T., Yang, X., Mei, H., Cao, Z. and Shangguan, ...
  • Zuker, M., ۲۰۰۳. Mfold web server for nucleic acid folding ...
  • Chen, J.L., Bellaousov, S., Tubbs, J.D., Kennedy, S.D., Lopez, M.J., ...
  • Mortimer, S.A., Kidwell, M.A. and Doudna, J.A., ۲۰۱۴. Insights into ...
  • Laing, C. and Schlick, T., ۲۰۱۱. Computational approaches to RNA ...
  • Nasalean, L., Stombaugh, J., Zirbel, C.L. and Leontis, N.B., ۲۰۰۹. ...
  • Heiat, M., Najafi, A., Ranjbar, R., Latifi, A.M. and Rasaee, ...
  • Yarizadeh, K., Behbahani, M., Mohabatkar, H. and Noorbakhsh, A., ۲۰۱۹. ...
  • Karplus, M. and McCammon, J.A., ۲۰۰۲. Molecular dynamics simulations of ...
  • Hollingsworth, S.A. and Dror, R.O., ۲۰۱۸. Molecular dynamics simulation for ...
  • Robustelli, P., Piana, S. and Shaw, D.E., ۲۰۱۸. Developing a ...
  • Harder, E., Damm, W., Maple, J., Wu, C., Reboul, M., ...
  • Sachdeva, S., Joo, H., Tsai, J., Jasti, B. and Li, ...
  • Hess, B., Kutzner, C., Van Der Spoel, D. and Lindahl, ...
  • Si, J., Cui, J., Cheng, J. and Wu, R., ۲۰۱۵. ...
  • Deng, B., Lin, Y., Wang, C., Li, F., Wang, Z., ...
  • Katchalski-Katzir, E., Shariv, I., Eisenstein, M., Friesem, A.A., Aflalo, C. ...
  • Ritchie, D.W., ۲۰۰۳. Evaluation of protein docking predictions using Hex ...
  • Wang, Q.L., Cui, H.F., Du, J.F., Lv, Q.Y. and Song, ...
  • van Dijk, M. and Bonvin, A.M., ۲۰۱۰. Pushing the limits ...
  • Tuszynska, I., Magnus, M., Jonak, K., Dawson, W. and Bujnicki, ...
  • El-Hachem, N., Haibe-Kains, B., Khalil, A., Kobeissy, F.H. and Nemer, ...
  • Trott, O. and Olson, A.J., ۲۰۱۰. AutoDock Vina: improving the ...
  • Tanchuk, V.Y., Tanin, V.O., Vovk, A.I. and Poda, G., ۲۰۱۶. ...
  • Hashemi, M., Shamshiri, A., Saeedi, M., Tayebi, L. and Yazdian-Robati, ...
  • Zhang, Y., Lai, B.S. and Juhas, M., ۲۰۱۹. Recent advances ...
  • Yan, J., Xiong, H., Cai, S., Wen, N., He, Q., ...
  • نمایش کامل مراجع