تحلیل in-silico فضای شیمیایی تاثیرگذار در ایجاد برهم کنش های مشتقات دیستامایسین A و مولکول DNA
محل انتشار: فصلنامه زیست فناوری، دوره: 10، شماره: 1
سال انتشار: 1397
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 12
فایل این مقاله در 7 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_BIOT-10-1_010
تاریخ نمایه سازی: 5 دی 1403
چکیده مقاله:
اهداف: هدف قراردادن DNA در راس درمان های ضدسرطان قرار دارد. بنابراین داروهای متصل شونده به DNA و برهم کنش آنها با DNA بسیار مورد توجه محققان قرار گرفته اند. از آنجایی که متصل شونده ها به شیار کوچک DNA (MGBs) به عنوان ترکیبات ضدتوموری موثر و کارآمدی مطرح هستند، درک جزییات برهم کنش آنها با DNA ضروری به نظر می رسد. تاکنون مکانیزم عمل بسیاری از MGBها در سطح مولکولی مشخص نشده است.
مواد و روش ها: در این مطالعه با انجام شبیه سازی های داکینگ و دینامیک مولکولی توسط نرم افزارهای AutoDock Vina و NAMD، نحوه اتصال سه مشتق متفاوت از دیستامایسین A (تالیموستاین، PNU۱۵۱۸۰۷ و بروستالیسین) با DNA بررسی و انرژی برهم کنش و الگوی اتصال آنها با یکدیگر مقایسه شد.
یافته ها: هر سه دارو طی شبیه سازی به طور پایداری به DNA متصل شده و تغییرات ساختاری کمی را در مولکول DNA القا کرده اند. نتایج حاصل از تحلیل LigPlot نیز هم خوانی بسیار بالایی را با نتایج مربوط به تحلیل انرژی های برهم کنش توسط NAMD نشان داد و مشخص شد در کمپلکس های مربوط به هر سه ترکیب با DNA، نوکلئوتیدهای A و T بیشترین نقش را در ایجاد برهم کنش ها دارند.
نتیجهگیری: در کمپلکس های مربوط به هر سه ترکیب با DNA، نوکلئوتیدهای A و T بیشترین نقش را در ایجاد برهم کنش ها دارند که با سایر مطالعات و گزارش های موجود در مورد MGBها مطابقت دارد. مطالعه حاضر نشان داد که بروستالیسین در مقایسه با دو داروی هم خانواده خود که همگی از دیستامایسین A مشتق شده اند، پتانسیل بیشتری در برقراری برهمکنش های قوی تر با مولکول DNA داشته و می تواند به عنوان کاندیدای موفق تری در درمان های ضدسرطان مطرح شود
کلیدواژه ها:
Distamycin ، DNA ، Molecular Docking Simulation ، Molecular Dynamics Simulation ، دیستامایسین ، DNA ، شبیه سازی داکینگ مولکولی ، شبیه سازی دینامیک مولکولی
نویسندگان
بهنام راستی
Department of Microbiology, Faculty of Basic Sciences, Lahijan Branch, Islamic Azad University (IAU), Lahijan, Iran
سیده شیرین شاهنگیان
Department of Biology, Faculty of Sciences, University of Guilan, Rasht, Iran
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
