پیشگویی ساختار دوم RNA مبتنی بر روش اکتشافی

RNAها در بسیاری از فرایندهای زیستی و پزشکی نقش حیاتی دارند و کارکرد RNA به طور مستقیم به ساختارش وابسته است. طراحی ساختارهای RNA مسئله ای اصلی در زمینه ی زیست شناسی است که دردرمان و نانوتکنولوژی اهمیت دارد. به همین دلیل الگوریتم هایی برایپیش گویی ساختار دوم RNA ایجاد شده است. در این مقاله الگوریتمی برایپیش گویی دقیق ساختار دوم RNA بر اساس کمترین میزان انرژی آزاد و بیشترین تعداد جفت بازهای مجاورارائه می دهیم. این الگوریتم برپایه ی روش اکتشافی است که از یک ماتریسنقطه ایبرای نشان دادن همه ی جفت­بازهای ممکنRNAاستفاده می کند. سپس استم ها۱ از ماتریس نقطه ای استخراج می شوند و براساس طولشان به ترتیب نزولی و سپس استم های با طول برابر براساسمیزان انرژی آزاد به ترتیب صعودی مرتب می شوند. سرانجام استم ها به ترتیب برای تشکیل ساختار دوم انتخاب می شوند. الگوریتم پیشنهادی روی تعدادی از داده ها از جمله CopA، CopT، R۱inv، R۲inv، Tar، Tar*، DIS، IncRNA۵۴ و RepZ در باکتر ی ها اجرا می گردد. نتایج آزمایش ها دقت بالای الگوریتم پیشنهادی را که ۷۱/۹۵ درصد است، نشان می دهد. این الگوریتم در زمانکمتری نسبت به سایر روش ها اجرامی شود.

کلیدواژه ها:

Minimum free energy ، Base pair ، Dot matrix ، Stem ، کمینه ی انرژی آزاد ، جفت باز ، ماتریس نقطه ای ، استم