ارزیابی نقش کائوتروپ ها، شوینده های دو یونی خنثی، خنثی و بدون بار و باردار در انحلال پذیری پروتئوم اشک در فرآیند متمرکز کردن ایزوالکتریکی

با توجه به تفاوت فاحش، در تعداد پروتیین های گزارش شده در نمایه دوبعدی پروتئوم اشک (۹۷ تا ۲۵۰ پروتیین)، و همچنین با در نظر گرفتن ناهمگون بودن محتوای پروتیینی این نمونه، تصور بر آن است که عدم انحلال صحیح، عاملی مهم در ناکارآمدی بررسی های الکتروفورتیک اشک باشد. بدیهی است که دستیابی به الگوی جداسازی مطلوب تنها در سایه حفظ حالت محلول پروتیین ها و جلوگیری از رسوب آن ها در مراحل مختلف، حاصل می گردد. متاسفانه علی رغم اینکه با افزایش برهمکنش های آبگریز، بین پروتیین های آلیفاتیک در نقطه ایزوالکتریک، احتمال رسوب پروتیین ها در ماتریکس ژل افزایش می یابد، به دلیل لزوم حفظ بار طبیعی پروتیین در بعد اول جداسازی، استفاده از شوینده های قوی یونی در این مرحله مجاز نمی باشد. در این جا با هدف افزایش تعداد پروتیین ها در نمایه دوبعدی، تاثیر کائوتروپ ها، شوینده های دو یونی خنثی، خنثی و بدون بار و باردار در انحلال پذیری پروتئوم اشک، در فرآیند متمرکز نمودن ایزوالکتریکی مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان دهنده از دست رفتن پروتیین ها در مراحل مختلف به واسطه رسوب در ماتریکس ژل و یا عدم بازگشت به فاز محلول در زمان آماده سازی و انحلال رسوب است. این بررسی همچنین نشان می دهد که شوینده های بدون بار همچون Triton X-۱۰۰ و Tween ۸۰ در رفع این مشکل کاملا ناموفق هستند. شوینده های دو یونی خنثی همچون CHAPS و SB ۳-۱۰ توانایی بیشتری برای حل محتوای هیدروفوب پروتیین های اشک داشته و الگوی مناسب تری را ارائه می دهند. در نهایت بیشترین میزان انحلال پذیری و بهترین الگوی جداسازی می تواند با استفاده از مخلوط اوره و تیوره در بافر بارگزاری و اعمال شوینده آنیونی SDS در مرحله آماده سازی (با پروتکل ویژه ای که حذف کامل SDS و جایگزینی آن با CHAPS را تضمین کند) حاصل شود.

کلیدواژه ها:

Tear proteome ، IEF ، ۲-DE ، Solubilization ، Detergent ، Chaotrope ، پروتئوم اشک ، متمرکزسازی ایزوالکتریکی ، الکتروفورز دوبعدی ، محلول سازی ، شوینده ، کائوتروپ