کاهش بیان ژن های دخیل در سنتز کراتین در بیماران مبتلا به لیشمانیوز جلدی

سابقه و هدف: در بسیاری از کشورها، از جمله ایران، لیشمانیوز جلدی یک بیماری شایع و در حال افزایش است. درمان مناسب و سریع بسیاری از این بیماران، بعلت عدم آشنایی کافی با عواملی که در پاتوژنز لیشمانیوز جلدی نقش دارند، بسیار مشکل است. با استفاده از روش­های توالی­یابی RNA با کارایی بالا و بررسی نحوه بیان ژن­های مختلف در بافت­های گوناگون، افق جدیدی بر روی شناسایی عوامل پاتوژنز بیماریها و بدست آوردن روش­های درمانی جدید باز شده است. مواد و روش­ها: این مطالعه در دو بخش بیوانفورماتیکی و بالینی انجام شد. مرحله اول تحقیق بر روی دیتای GSE۱۲۷۸۳۱  از سایت NCBI انجام گرفت. بعد از فیلتراسیون­های اولیه،  آنالیز های DGEs و  Gene Ontology  بر روی ژن­های بدست آمده انجام گرفت. در بخش بالینی، میزان بیان نسبی ژن­های منتخب در مرحله قبلی در ۲۷ نمونه پوستی حاصل از اطراف زخم لیشمانیوز و ۱۲ نمونه سالم پوست، بروش qPCR ، اندازه­گیری شد. یافته­ها: آنالیزهای بیوانفورماتیکی نشان می­دهد فعالیت عمده یک­صد ژن اول از لیست ژن­هایی که بیشترین کاهش بیان را در زخم های لیشمانیوز دارند مربوط به ژن های کد کننده انواع پروتیین ­های کراتین می­باشد و مسیر ژنتیکی " تشکیل فیلامان­های داخل بافتی" بیشتر از همه تحت تاثیر قرار می­گیرد. تعداد زیادی از ژن­های فعال در ساخت کراتین، کاهش بیان شدید و معنی داری در طی  لیشمانیوز جلدی پیدا می­کنند. اندازه گیری سطح بیان ژن­های  KRTAP۱۱-۱  و KRT۳۳B و KRT۸۵ و KRT۳۵ و KRT۸۶  و KRT۸۱  که بیشترین کاهش را در مرحله بیوانفورماتیک نشان داده بودند نشان دهنده هماهنگی نتایج مراحل بیوانفورماتیکی و بالینی می­باشد. هر چند مقدار کاهش بیان در نمونه­های ما کمتر بود. نتیجه­ گیری:  یکی از علل اصلی ایجاد زخم­های دیر بهبود یابنده در لیشمانیوز پوستی کاهش بیان گروه خاصی از ­ژن­ها می­باشد که مسئول تولید کراتین میباشند. کراتین مولکولی مهم در ساخت و نگه­داری از بافت اپیتلیال و پوست می­باشد.

کلیدواژه ها:

Bioinformatics Analysis ، Differential gene expression analysis ، Gene Ontology Analysis ، Cutaneous leishmaniasis ، Keratin ، Iau Science. ، آنالیز بیوانفورماتیک ، آنالیز بیان افتراقی ژن­ها ، آنالیز هستی شناسی ژن ، لیشمانیوز جلدی ، کراتین ، Iau Science