سابقه و هدف:
لوسمی لنفوسیتی مزمن (Chronic Lymphocytic Leukemia: CLL) یک اختلال لنفوپرولیفراتیو است که با گسترش کلونال و بدخیم لنفوسیت های B با فنوتایپ بالغ در خون محیطی، مغز استخوان و بافت های لنفاوی ثانویه مشخص می شود. لنفوسیت های T به دلیل در معرض قرار گرفتن مداوم با آنتی ژن در برابر سرطان ها و عفونت های مزمن، دچار فرسودگی (Exhaustion) می شوند. در واقع رشد بیش از حد سلولهای توموری منجر به ایجاد فضایی با کمبود اکسیژن، مواد غذایی و حتی فضای فیزیکی برای سلول های نرمال می شود که به این فضا ریزمحیط تومور گفته می شود. در ادامه، ریزمحیط تومور برای سرکوب سیستم ایمنی از روش های مختلفی بهره می گیرد که در نتیجه ی آن مسیرهای متابولیک چه در سلول T و چه در سلول توموری دستخوش تغییر می شوند، در نتیجه گیرنده های مهاری در سطح سلول T و هم زمان لیگاند آن ها در سطح سلول توموری افزایش بیان می یابند. در نهایت سلول T با کاهش توانایی تکثیر، سلول کشی و نیز تولید سایتوکاین های اجرایی مانند اینترفرون گاما همراه است. فرسودگی سلول های T یکی از چالش های درمان بسیاری از بدخیمی ها از جمله CLL است. در CLL پدیده فرسودگی سلول های T به واسطه افزایش بیان همزمان گیرنده های مهاری مشاهده شده است. با توجه به این که روش های درمانی موجود برای بیماران CLL با عوارض جانبی، مقاومت به درمان و عود بیماری همراه هستند، بررسی تغییرات رونوشت می تواند در طراحی استراتژی های درمانی موثرتر کمک کننده باشد. در مطالعه حاضر به بررسی پروفایل بیان ژن های رونوشت (Transcriptome) سلول های TCD۸+، در بیماران مبتلا به CLL در مقایسه با افراد سالم با استفاده از سامانه های بیوانفورماتیکی پرداخته شده است.
مواد و روش ها: در ابتدا داده های خام با استفاده از این کلمات کلیدی در پایگاه SRA جستجو شدند. در ادامه، توسط نرم افزار CLC Genomics workbench version ۲۱، خوانش های چپ و راست با یکدیگر یکی شدند. بعد از کنترل کیفی داده ها، با توالی رفرانس ژنوم، توالی های mRNA و CDs انسان سرهم (assemble) شدند. سپس بیان ژن های موثر در فرسودگی سلول های T-CD۸+ بین دو گروه بیماران CLL و افراد سالم مورد مقایسه قرار گرفت و در نهایت، خروجی آنالیز به وسیله فرمت های نقشه حرارتی
(Heat map) و نمودار آتشفشانی نمایش داده شد.
یافته ها: در این مطالعه، شناسایی ژن های دخیل در فرسودگی T-CD۸+ و بیان افتراقی براساس مقایسه در دو گروه CLL شامل ۱۱ بیمار و گروه سالم شامل ۱۱ فرد انجام شد. نتایج مربوط به بیان ۵۹ ژن انتخابی در قالب نمودار آتشفشانی و نقشه حرارتی ارائه شد. نتایج نشان داد که بیان ۴۲ ژن تغییرات معنی دار داشتند که در بیماران CLL، ۱۸ ژن بیان بالاتر و ۲۴ ژن بیان پایین تری نسبت به افراد سالم داشتند (۰/۰۵FDR P<).
استنتاج: سطوح بیان ژن های موثر در فرسودگی سلول های T-CD۸+ بین دو گروه بیماران CLL و افراد سالم متفاوت بوده است. مولکول هایی که ژن آن ها دارای افزایش بیان در CLL بوده اند، اهداف بالقوه ای برای طراحی روش های درمانی جدید پیشنهاد می شود. در واقع با طراحی و تولید آنتی بادی های مونوکلونال و نیز ریزمولکول هایی که قابلیت مهار این مولکول ها را داشته باشند، می توان این مولکول ها و مسیرهای پیام رسانی وابسته به آن ها را مهار نمود که خود گامی در جهت غلبه بر پدیده فرسودگی سلول های T می باشد.
