A Novel Method for Inference of Genetic Regulatory Networks Using Time Series Microarray Data and Gene Ontology

سال انتشار: 1392
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: انگلیسی
مشاهده: 1,262

فایل این مقاله در 5 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

CECIT01_796

تاریخ نمایه سازی: 14 شهریور 1392

چکیده مقاله:

Bayesian Network (BN) models have been used in reconstructing Gene Regulatory Networks (GRNs) from gene expression microarray data for their advantages. However,using only microarray data is not sufficient for accurate estimating a GRN. Here, a novel two step method is proposedfor reconstructing GRNs using both time series microarray dataand Gene Ontology (GO): first, genes are divided into some groups based on GO annotations and then BN is applied toinfer the gene relations in each group. In the latter step, a combination of GO and microarray data is used to evaluatedifferent network structures and find the optimal one. This method is applied to reconstruct the regulatory network of 84 yeast genes. Comparing the simulation results with the KEGGpathway map shows that the method improves the accuracy of the estimated gene network from 62% to 73% and the sensitivity by increasing the number of True Positives from 55 to 82.

کلیدواژه ها:

Bayesian Network ، BN ، Gene Regulatory Network ، GRN ، Gene Ontology ، GO ، Time Series Microarray Data ،

نویسندگان

Fatemeh Yavari

Biomedical Engineering Department, Amirkabir University of Technology

Farzad Towhidkhah

Biomedical Engineering Department, Amirkabir University of Technology

Shahriar Gharibzadeh

Biomedical Engineering Department, Amirkabir University of Technology

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • R.R. Gupta, L.E.K. Achenie, _ network mod) for gene ...
  • _ and Chemical Engineering, vo. 31, pp. [22] S. Imoto, ...
  • System, man, and cybernetics Part B: Cybernetics, vol. 35(6), [28] ...
  • "Combining location and expression data for principled [31] _ _ ...
  • vol. I(2), pp. 231-252, 2003. ...
  • networks", The Annals of Applied Statistics, vol. 1(2), pp. 612- ...
  • نمایش کامل مراجع