روش های موثر در بررسی تنوع ژنتیکی باکتری های بیماری زای گیاهی

تشخیص و رده بندی باکتری های پاتوژن گیاهی و باکتری های همزیست گیاهی از نظر کاربرد کشاورزی و مطالعه ی روابط بین این دو اهمیت دارد. فهم نوع تنوع در جمعیت پاتوژنهای گیاهی کلیدی برای اصلاح موفقیت آمیز واریته ها و افزایش مقاومت آنها به بیماری ها می باشد. یک سری ترادف های نوکلئوتیدی با مشخصات کوتاه (معمولا کمتر از ۲۰۰ جفت باز) ، کد نشونده و اینتر سیسترونیک به طور گسترده در ژنوم پروکاریوت ها ظاهر می شوند که اولین ترادف شناخته شده در آغاز در باکتری Salmonella typhimurium و Escherichian coli بررسی شد. سه خانواده از این ترادف های تکراری شامل: ترادف REP یا PU شامل ۳۵ تا ۴۰ جفت باز، ترادف ERIC یاIRU شامل ۱۲۴ تا ۱۲۷ جفت باز، و ترادف BOX شامل ۱۵۴ جفت باز مطالعه شده است. بر اساس این ترادف ها روشی طراحی شده است که ژنوم مابین این دو ترادف را تکثیر می کند یعنی یک سری آغازگرها مطابق با این ترادف های تکراری سنتز می شود و سپس با استفاده از PCR این قسمت تکثیر شده و می توان تفاوت را بین جدایه های مختلف بر اساس این اطلاعات تعیین کرد. نام این روش ERIC-PCR, REP- PCRو BOX -PCR خوانده می شود که در مجموع به آن rep-PCR گفته می شود. انگشت نگاری بدست آمده توسط این روش دارای تعدادی کاربرد در مطالعات اپیدمیولوژیکی خصوصا چگونگی کنترل این میکروارگانیسم ها در بخش پزشکی، کشاورزی و صنعت می باشد.

کلیدواژه ها:

تنوع ژنتیکی ، باکتری ، روش ERIC-PCR ، روش REP-PCR و روش BOX -PCR