Omicron B.۱.۱.۵۲۹ Tyrosine Phosphatase Receptor Transition Among SARS-CoV-۲ Heredities: A Validation Of Homology Modelling And Phylogenetic Analysis

سال انتشار: 1401
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: انگلیسی
مشاهده: 62

فایل این مقاله در 13 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

JR_JASE-4-1_006

تاریخ نمایه سازی: 10 مهر 1403

چکیده مقاله:

Introduction: Sars-cov-۲ heredities have spread around the world and have been declared a worldwide pandemic. Thus, additional research is required. In this research, we used bioinformatics approaches such as structure prediction and phylogenetic analysis to investigate the anticipated tyrosine phosphatase receptors of omicron.Methods: The phylogenetic analysis was conducted Mega ۵.۲ (molecular evolutionary genetics analysis version ۵.۲). Homology modelling was performed using the Swiss-model, Phyre ۲, and I-Tasser, and the best model was proposed using procheck, prosa, errat, and verify-۳D.Results: The results of this study indicate active interactions between escherichia coli and homo sapiens in phylogeny and modelling, with ۸۸.۶ percent of the builds happening in the most favourable region, ۱۱.۲% in the allowed region, ۰.۶ percent in the freely permitted region, and ۰.۲ percent in the forbidden zone. In this study, phylogenetic analysis and homology model was developed for tyrosine phosphatase receptor by using Swiss-model, Phyre ۲, and I-Tasser. The developed models were validated by using Errat, verify-۳D, Prove, Prosa, and Ddfire.Conclusion: The analysis can be used in future for drug design and can also be passed from one generation to the next through inheritance which helps us to learn about evolutionary relationships.

نویسندگان

Venu Paritala

Department of BioTechnology Vignan&#۰۳۹;s Foundation for Science, Technology & Research Guntur, A.P, India

Harsha Thummala

Department of BioTechnology Vignan&#۰۳۹;s Foundation for Science, Technology & Research Guntur, A.P, India

Mohit T.N.S

Department of BioTechnology Vignan&#۰۳۹;s Foundation for Science, Technology & Research Guntur, A.P, India

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Baek M, Di Maio F, Anishchenko I, Dauparas J, Ovchinnikov ...
  • Benassi E, Fan H, Sun Q, Dukenbayev K, Wang Q, ...
  • Kazybay B, Ahmad A, Mu C, Mengdesh D, Xie Y. ...
  • Fouad Dabboussi, Monzer Hamze, Malika Elomari, Sophie Verhille, Nader Baida, ...
  • Elomari M, Coroler L, Hoste B, Gillis M, Izard D, ...
  • Mark W. Silby, Craig Winstanley, Scott A.C. Godfrey, Stuart B. ...
  • Behrendt U, Ulrich A, Schumann P, Meyer J M, Spröer ...
  • Hughes A L, Nei M. (۱۹۸۸). Pattern of nucleotide substitution ...
  • Hollister J R, Vagnozzi A, Knowles N J, Rieder E. ...
  • Kimura M. (۱۹۸۰). A simple method for estimating evolutionary rates ...
  • Tajima F. (۱۹۸۹). Statistical method for testing the neutral mutation ...
  • Betts A O, Edington N, Jennings A R, Reed S ...
  • Ng KK, Cherney M M, Vazquez A L, Machin A, ...
  • Adhikari A, Nandi S, Bhattacharya I, Roy MD, Mandal T, ...
  • Rai DK, Rieder E. (۲۰۱۲). Homology modeling and analysis of ...
  • Paritala V. (۲۰۲۲). Comparative Modeling For Saccharomyces Cerevisiae Rad۵۶ Using ...
  • National Center for Biotechnology Information (۲۰۲۲). PubChem Compound Summary for ...
  • نمایش کامل مراجع