ردیابی مولکولی پاتوژن های قزل آلا در مزارع پرورشی به روش Lamp PCR

مقدمه و هدف: هدف از این مطالعه ، مروری بر روش مولکولی Lamp PCR در شناسایی و ردیابی پاتوژن های مهم قزل آلای پرورشی با تاکید بر دو بیماری مهم (Bacterial Kidney Disease (BKD و (Enteric Redmouth Disease (ERM در آبزیان بود. Loop-mediated Isothermal Amplification) Lamp PCR)، یا تکثیر همدمای وابسته به لوپ، از روش های تغییر یافته PCR است که قادر به تکثیر کپی های متعدد از توالی هدف، در کمتر از یک ساعت و بدون نیاز به معرف های خاص است. از مزایای Lamp PCR نسبت به PCR کلاسیک ، سادگی ، سرعت ، عدم نیاز به ترموسایکلرو جلوگیری از آلودگی های احتمالی است. (BKD) بیماری کلیوی باکتریایی که توسط باکتری Renibacterium salmoninarum ایجاد و علائمی از قبیل زخم های باز روپوستی، آسیب شدید کلیوی(تورم با سطح چین دار) وکبد و طحال دارد. قابل انتقال از گونه ای به گونه دیگر وحتی در جریان تخم ریزی قزل آلا است.  مواد و روش کار: در مطالعه saleh و همکاران، سویه های بیماری زا جمع آوری و در محیط کشت انتخابی (SKDM) آگارکشت و توسط تست های بیوشیمیایی شناسایی شدند. DNA ژنومی سویه ها استخراج، و واکنش در حضور پلی مراز Bstانجام شد. پرایمرهای Lamp وپروب های فلورسنت براساس پروتئین آنتی ژن P۵۷ (پروتئین سطحی و ترشحی) کد کننده ژن باکتری R. salmoninarum طراحی گردید. محصولات Lamp توسط  (Fluorescent Detection Reagent (FDR و با استفاده از SYBR Green رقیق شده در DMSO رد یابی گردید. نتایج و بحث: محصولات واکنش با استفاده از ژل الکتروفورز و همچنین real time بررسی شد. اختصاصیت آزمون توسط هضم آنزیمی با EcoRV که باند های ۹۰ و ۱۲۰ bp ایجاد می کرد، ارزیابی شد. محصولات Lamp بعد از افزودن SYBR Green به رنگ سبز قابل مشاهده بود. رد یابی سریع پاتوژن ها در مزارع پرورش ماهی به منظور جلوگیری از انتشار سریع عفونت امری ضروری به نظر می رسد. با وجود اینکه PCR روش موثری برای ردیابی این پاتوژن هاست، اما تجهیزات گرانقیمت مانند ترموسایکلر را نیاز دارد. در این مطالعه از روش real-time LAMP برای ردیابی استفاده شد که در آن تنها با استفاده از یک تیوب و بن ماری برای تنظیم حرارت استفاده شد.