تشخیص مولکولی فوزوباکتریوم نوکلئاتوم در نمونه های بالینی با استفاده از پرایمرهای اختصاصی

فوزوباکتریوم نوکلئاتوم یک باکتری گرم منفی است که در قالب یک پاتوژن فرصت طلب علاوه بر بافت سالم در طیف گسترده ای از بیماریها یافت می شود. پس از کشف اهمیت این میکروارگانیسم در روند بیماری سرطان کولورکتال تلاش های متعددی در راستای مهندسی روش مناسب جهت تشخیص آن صورت گرفته است. یکی از محبوب ترین این روش ها واکنش های بر پایه تکثیر نوکلئیک اسیدها می باشد که طراحی الیگونوکلئوتیدهای شناساگر مناسب برای آنها از اهمیت بالایی برخوردار است. در این مطالعه ابتدا ۵ جفت توالی الیگونوکلئوتیدی پرکاربرد بر اساس مقالات مورد بررسی قرار گرفت. سپس یک جفت توالی الیگونوکلئوتیدی جدید و با ویژگی های متفاوت نسبت به موارد قبلی و با استفاده از نرم افزار Gene Runner و انتخاب پارامترهای مناسب، بر اساس ناحیه ژنی متفاوت radD طراحی و از نظر ساختارهای ثانویه بررسی گردید. در نهایت تمامی توالی های الیگونوکلئوتیدی استفاده شده و توالی طراحی شده در پایگاه NCBI primer blast بارگذاری و از نظر عوامل تاثیرگذار مانند طول ،توالی، دمای ذوب، ناحیه ژنی هدف و غیره بررسی و با یکدیگر مقایسه شدند. توالی طراحی شده با نام fn علاوه بر استفاده از ناحیه هدف متفاوت، اختصاصیت بالاتری در اتصال به گونه نوکلئاتوم در مقایسه با الیگونوکلئوتیدهای پرکاربرد از خود نشان داد. هم چنین این توالی از نظر سایر پارامترها مانند طول، محتوای GC، اختلاف دمای ذوب بین دو توالی و ساختارهای ثانویه در شرایط مناسبی قرار داشت که برخی از این موارد علی رغم به کارگیری بالا در برخی از سایر توالی ها رعایت نشده است. در مجموع ژن هدف در این مطالعه و توالی های مکمل طراحی شده بر اساس آن دارای پتانسیل بالا در روند شناسایی این باکتری بوده و می توانند در مطالعه این عامل عفونی و درک بهتر آن تاثیر به سزایی ایفا کنند.

کلیدواژه ها:

گرم منفی ، تشخیص ، سرطان کولورکتال ، فوزوباکتریوم ، الیگونوکلئوتید شناساگر