مدل سازی محاسباتی و ارزیابی فارماکوفوری نانو کیج کوبان

گسترش الگوریتم های طراحی دارو و تلفیق آن با محاسبات کوانتومی راه گشایی مسیری با صحت و دقت بالا جهت شناسایی مشتقات داروییو اهداف ارزشمند جهت دست یابی به استراتژی های سنتز دارو با اهداف درمانی موثر میباشد. در این پژوهش برای نخستین بار مدل محاسباتیرا جهت پیش بینی ویژگی های دارویی وداکینگ مولکولی کوبان به عنوان نانوکیج دارویی پیشنهاد نمودیمروشها: ابتدا ساختارشیمیایی کوبان (cubane) از سرور pubchem دانلود شد و سپس با استفاده از نرم افزار آووگادرو ( Avogadro ) میزانانرژی ساختار کمینه شد. محاسبات سنجش سطوح انرژی و متغییرهای کوانتومی توسط نرم افزار گوسین انجام شد.پس از شناسایی اهدافبیولوژیکی به کمک سرور های محاسباتی وآماده سازی آنها توسط نرم افزار Chimera ،فرایند داکینگ مولکولی توسط نرم افزار Pyrx با هدفبیولوژیک ۱ao۶ انجام شد.انرژی آزاد اتصال و انحراف مربع میانگین ریشه (RMSD) محاسبه گردید مدل فارماکوفوری بررسی گردید.ویژگیهای جذب،توزیع،متابولیسم،خروج وسمیت( ADMET ) در بدن توسط سرور ها پیش بینی شد.نتایج: محاسبات نشان داد که مولکول کوبان به خوبی با هدف برهمکنش داشت و کمپلکس دارو-گیرنده تشکیل شد. مقدار عددی انرژی آزاداتصال دربهترین موقعیت با کمترین انحراف مربع میانگین ریشه (RMSD) برای هدف ۱AO۶ برابر ۵.۲- kj/mol بود که قوی ترین اتصالمولکولی را باهدف رقم زد..به طور کلی معیارهای چربی دوستی،حلالیت درآب، خواص فارماکوکینتیک،سمیت و شباهت دارویی مولکول کوبانمناسب بود.یافته های ما مولکول کوبان را به عنوان نانو کیج دارویی پیشنهاد نموده و آن ها را کاندیدای ارزشمند جهت مطالعات تجربی معرفیمی نماید.

کلیدواژه ها:

داکینگ مولکولی ، Pyrx ، Chimera ، ADMET