طراحی محاسباتی مشتق ایندول کوبان و پیش بینی برهمکنش با رسپتور هدف

گستردگی روش ها و مکانیسم های طراحی دارو و ترکیب آن با محاسبات کوانتومی مسیری دقیق جهت شناسایی مشتقات داروییو اهداف موثر جهت نیل به روش های سنتز دارو با اهداف درمانی تاثیر گذار ایجاد میکند. در این مطالعه برای نخستین بار مدلمحاسباتی را جهت پیش بینی ویژگی های دارویی وداکینگ مولکولی مشتق ایندول کوبان پیشنهاد نمودیم.روشها: ابتدا با استفاده از نرم افزار های مدل سازی ساختار مانند: آووگادرو (Avogadro)،اسپارتان (spartan v۱.۱.۴) مشتقایندول کوبان طراحی گردید. محسابات ارزیابی سطوح انرژی و متغییرهای کوانتومی توسط نرم افزار گاوسین انجام شد.پس ازشناسایی اهداف بیولوژیکی به کمک سرور های محاسباتی وآماده سازی آنها توسط نرم افزار Chimera ،فرایند داکینگ مولکولیتوسط نرم افزار Pyrx با هدف بیولوژیک ۵I۶X انجام شد.انرژی آزاد اتصال و انحراف مربع میانگین ریشه (RMSD) محاسبهگردید مدل فارماکوفوری و ویژگی های جذب،توزیع،متابولیسم،خروج وسمیت( ADMET ) در بدن توسط سرور ها پیش بینی شد.نتایج: محاسبات نشان داد که مشتق ایندول کوبان به خوبی با هدف پروتئینی برهمکنش داشت وکمپلکس دارو-گیرنده تشکیل شد.مقدار عددی انرژی آزاد اتصال دربهترین موقعیت با کمترین انحراف مربع میانگین ریشه (RMSD) برای هدف ۵I۶X برابر ۸.۲ - kj/mol بود که قوی ترین اتصال مولکولی را باهدف رقم زد..به طور کلی معیارهای چربی دوستی،حلالیت درآب، خواصفارماکوکینتیک و شباهت دارویی مشتق ایندول کوبان مناسب بود.این مشتق دارای سمیت متوسط جهش زایی میباشد.یافته هایما مشتق ایندول کوبان را به عنوان مولکول دارویی راهبر پیشنهاد نموده و آن را کاندیدای ارزشمندی جهت مطالعات تجربی وبالینیمعرفی می نماید.

کلیدواژه ها:

داکینگ مولکولی ، گاوسین ، Pyrx ، ADMET