بررسی شبکه پروتئین های موثر در سرطان های مری، معده و روده و تعیین پروتئین های مشترک کلیدی به روش In silico
سال انتشار: 1399
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 341
فایل این مقاله در 13 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_JHBMI-7-4_010
تاریخ نمایه سازی: 9 مرداد 1403
چکیده مقاله:
مقدمه: شیوع سرطان های مربوط به گوارش، بخصوص معده و روده رو به افزایش است. ازطرفی سرطان معده شایع ترین سرطان دستگاه گوارش در ایران بوده و سن ابتلا به سرطان مری و روده در ایران کاهش یافته است. درنتیجه بررسی عوامل و پروتئین های دخیل در این سرطان ها بسیار حائز اهمیت است.
روش: در این پژوهش به منظور بررسی شبکه های میانکنشی پروتئین های دخیل در سرطان های مری، معده و روده از تحقیقات قبلی، با رویکرد کمی استفاده شده است. ابتدا پروتئین های شناسایی شده سرطان های مری، معده و روده از پایگاههای داده مربوطه و مقالات استخراج شد، سپس ترسیم و تحلیل تقاطع و تعیین پروتئینهای کلیدی در شبکه میانکنشی پروتئینها با استفاده از سرورها و نرم افزارهای STRING ۱۱.۰, Cytoscape ۳.۷.۳, NDEx ۲.۴.۳, UniProt انجام شد. از افزونه CentiScaPe ۲.۲ و CytoHubba با بررسی شاخص های مرکزیت مختلف برای تعیین گره های کلیدی و پروتئینهای مشترک مرکزی استفاده شد. درنهایت پس از بررسی پروفایل بیانی پروتئینهای با شاخصهای مرکزیت بالادر Expression Atlas, GEPIA۲, GTEx v۸ ، پروتئینهای مشترک در هر سه سرطان تعیین شدند.
نتایج: نتایج نشان داد پروتئینهای PLK۱, CCNB۱, CCNA۲, BUB۱B, CDK۱ به عنوان مشترک مرکزی در هر سه بافت هستند. این پروتئینها ضمن داشتن همبستگی بالا (R=>۰/۸) با یکدیگر، دارای تفاوت بیان معنی دار در بافتهای نرمال و سرطانی هستند.
نتیجه گیری: پروتئینهایPLK۱, CCNB۱, CCNA۲, BUB۱B, CDK۱ میتوانند به عنوان مارکر تشخیصی و درمانی سرطان های مری، معده و روده استفاده شوند. ادامه مطالعات بر روی این پروتئینها آینده روشنی را برای یافتن درمان انواع مختلف سرطان دستگاه گوارش در پی دارد.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
نجف الهیاری فرد
Ph.D. in Biology-Molecular Genetics, Assistant Professor, Systems Biotechnology Dept., National Institute of Genetic Engineering & Biotechnology (NIGEB), Tehran, Iran
افروز داوری
M. Sc. in Biology, NourDanesh Institute of Higher Education, Meymeh, Esfahan, Iranv
عطیه کربلایی
M.Sc. in Biotechnology, Faculty of Advanced Sciences and Technology, Tehran Medical Sciences, Islamic Azad University, Tehran, Iran
محمدرضا زمانی
Ph.D. in Molecular Genetics, Professor, Plant Molecular Biotechnology Dept., National Institute of Genetic Engineering & Biotechnology (NIGEB), Tehran, Iran
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
