Targeting Positive Regulators of Sonic Hedgehog Signaling Pathway in Medulloblastoma by Designing CRISPR/Cas۹ Single Guide RNAs
سال انتشار: 1402
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: انگلیسی
مشاهده: 86
فایل این مقاله در 8 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_ZUMS-31-149_010
تاریخ نمایه سازی: 20 فروردین 1403
چکیده مقاله:
Background and Objective: Medulloblastoma formation is importantly related to granular cell proliferation and differentiation, processes which are under the influence of sonic hedgehog (SHH) signaling. Exons of genes encoding different components of this signaling pathway (e.g., ligands, co-receptor, transcription factors, and target genes) were investigated to identify the proper single guide RNAs for selective targeting of positive regulators of the SHH pathway.
Materials and Methods: The genomic DNA sequences of corresponding genes of several positive regulators of the SHH pathway (in Homo Sapiens), including SHH, SMO, GLI۱, GLI۲, MYCN, and MYC, were retrieved from the National Center for Biotechnology Information (NCBI) gene database. Next, the exon sequences of these genes were identified using protospacer adjacent motif (PAM) of NGG and Streptococcus pyogenes Cas۹ nuclease and evaluated by CRISPOR software to select the best sgRNA for each target gene.
Results: The analyses revealed the best sgRNAs for the SHH, SMO, GLI۱, GLI۲, MYCN, and MYC genes targeted exon ۱, -۴, -۴, -۵, -۲ and -۲, respectively. Proper sgRNAs for targeting each exon in each gene were also identified.
Conclusion: This study revealed possible specific exonic targets of components of the SHH signaling pathway through designing proper sgRNAs using the CRISPR/Cas۹ genome editing approach.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
Mehrdad Ghorbanlou
Dept. of Anatomy, School of medicine, Iran University of Medical Sciences, Tehran, Iran
Hasan Marzban
Children’s Hospital Research Institute of Manitoba (CHRIM), College of Medicine, Faculty of Health Sciences, University of Manitoba, Winnipeg, MB, Canada
Mehdi Mehdizadeh
Reproductive Sciences and Technology Research Center, School of Medicine, Iran University of Medical Sciences, Tehran, Iran
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :