بررسی اثر جهش H۲۳۰M ژن CoxB در باکتری اسیدیتیوباسیلوس‎ ‎فرواکسیدانس با استفاده از شبیه‎ ‎سازی دینامیک مولکولی

در باکتری اسیدیتیوباسیلوس­فرواکسیدانس، پروتئین های موجود در مسیر زنجیره انتقال­الکترون از جمله پروتئین سیتوکروم C اکسیداز (CoxB)، پروتئین CoxB حاوی دو اتم مس (CuA, CuB) در ساختار خود می باشد.  CuAنقش مهمی در انتقال الکترون دارد. طبق مطالعات قبلی، تبدیل هیستیدین به متیونین در پروتئین مشابه، منجر به افزایش پایداری پروتئین و بهبود عملکرد آن می شود. همچنین، اتصال متیونین به CuB در ساختار پروتئین وحشی یکی دیگر از دلایل انتخاب جهش H۲۳۰M در جایگاه CuA است. پروتئین وحشی و جهش­یافته در حضور غشاء دو­لایه POPC با استفاده از  gromacs نسخه ۵.۱.۴ شبیه­سازی می شود. تغییرات ساختاری پروتئین جهش­یافته توسط RMSD، RMSF، SASA،Rg ، DSSP،density ،thickness ، PCA، ED، DCCM وFEL  بررسی شد. نتایج حاصل از تجزیه­و­تحلیل پروتئین های وحشی و جهش­یافته نشان می­دهد که باکتری پایداری خود را بعد از جهش حفظ می­کند. به نظر می رسد جهش منجر به افزایش میزان دریافت الکترون می­شود که نیاز به مطالعات بیشتر در این زمینه دارد. شبیه­سازی دینامیکی مولکولی و نتایج آنالیزها نشان می دهد که جهش به افزایش پایداری پروتئین کمک می­کند. بنابراین، این یافته رویکردهای جدیدی را از نظر خصوصیات ساختاری و احتمال انتقال­الکترون ارائه می­دهد.

کلیدواژه ها:

باکتری ، بیولیچینگ ، جهش ، شبیه‎ ‎سازی دینامیک مولکولی ، POPC