مطالعه تکامل مولکولی و ژنتیک جمعیت ویروس موزائیک خیار در ایران

ویروس موزائیک خیار (CMV) عامل یکی از بیماریهای مهم اقتصادی کدوئیان است که دامنه میزبانی وسیعی داشته و توسط شته منتقل می شود. در این تحقیق، ویژگیهای تکامل مولکولی، ساختار ژنتیکی جمعیت، و تنوع ژنتیکی جمعیت CMV در ایران، ترادف نوکلئوتیدی و آمینو اسیدی نواحی MP, CP, b۲ و UTR'۳ مربوط به آر ان ای ۳ از بانک ژن دریافت و تجزیه و تحلیل شد. همه جمعیتهای CMV بر اساس مناطق نمونه برداری به پنج زیرجمعیت دسته بندی شدند. همردیفی چندگانه ترادفها با استفاده از الگوریتم Muscle در برنامه MEGA۶.۰ به دست آمد. همردیفی حاصل برای محاسبه فاصله ژنتیکی، تکامل مولکولی، محاسبه فشار انتخاب در هر کدون، نرخ جایگزینی، تنوع بین و درون جمعیتی و سایر پارامترهای ژنتیک جمعیت به کار گرفتهشد. بر اساس نتایج، جمعیت CMV ایران تنوع ژنتیکی کمی نشان داد و از دو هاپلوتیپ اصلی و چند هاپلوتیپ فرعی تشکیل شده است. تنوع بسیار پایین و روابط نزدیک تکاملی میان جدایه ها در یک زیر جمعیت نشان داد که احتمالا اثر فوندر در شکلگیری ساختار ژنتیکی نقش اصلی را دارد و نو آرایی در میان زیرگروه ها رخ داده است و تغییر ژنتیکی توسط نوآرایی در تکاملجمعیت CMV ایران نقش داشته است. همچنین نتایج نشان داد که نواحی رمز کننده و همچنین بخش های مختلف نواحی رمز کننده زیر فشارهای تکاملی مختلف قرار داشته اند. نتایج آنالیز تکامل مولکولی نشان داد که b۲ تنوع بیشتری از CP و MP داشت و بیشترین فشار انتخاب مثبت در ناحیه ای در b۲ ردیابی شد که احتمال دارد با دامنه میزبانی وسیع این ویروس مرتبط باشد. در درخت فیلوژنتیک بر اساس ترادفهای CP و MP، جمعیت ایران به همراه جمعیتهای آمریکا و آسیای شرقی در یک گروه قرار گرفتند. بررسی ژنتیکی جمعیت نشان داد که جمعیت CMV تفرق و تنوع کم با جریان ژنی بالایی داشته که نشان دهنده فقدان ساختار فیلوجغرافیایی میان جمعیتها است. یافته های ما می تواند به درک ساز و کار تکاملی عامل تنوع و تکامل در جمعیتهایویروسی کمک کند از این رو، چنین مطالعاتی توسعه راهبردهای مبارزه با بیماریهای ویروسی را تسهیل می نماید.

کلیدواژه ها:

تنوع ژنتیکی ، ویروس موزاییک خیار ، درخت فیلوژنتیکی ، ویروس گیاهی