ردیابی و تکثیر ژن های اثرگذار حامل دومین LysM در ژنوم قارچ F. oxysporum f. sp. lycopersici
سال انتشار: 1394
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 62
فایل این مقاله در 15 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_NBR-2-4_001
تاریخ نمایه سازی: 8 آذر 1402
چکیده مقاله:
قارچ (FOL) Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici در طی کلونیزهکردن آوند گیاه گوجه فرنگی پروتئین های کوچک اثرگذاری را به درون آوند گیاه ترشح می کند که دستگاه مقاومتی گیاه را مهار یا مختل می کند و سبب بروز بیماری می شود. تاکنون ۱۴ پروتئین اثرگذار در این بیمارگر شناسایی شده است که هیچیک دومین مشخصی در توالی پروتئینی خود ندارند. در دیگر قارچ های بیمارگر پروتئین های اثرگذار حامل دومین LysM جهت اتصال به کیتین و تجزیه آن شناسایی شده است. با توجه به کارکرد مهم این دومین در برهمکنش قارچ و گیاه، در مطالعه حاضر جستجو برای شناسایی ژن های اثرگذار حامل دومین LysM در قارچ FOL انجام شد. در ابتدا جستجوی دومین LysM در ژنوم Fol به کمک پایگاه اطلاعاتی Pfam به شناسایی ۱۷ پروتئین منتج شد که در این بین، با توجه به وزن مولکولی پایین پروتئین های اثرگذار و ترشح آنها در فضای بین سلولی، دو پروتئین فرضی به نامهای Fol-LysM۱ و Fol-LysM۳ جهت مطالعات تکمیلی انتخاب شدند. پیشبینی ساختار ژنی مفروض با FGENESH+صورت گرفت؛ سپس، حضور ساختارهای دومینی و خصوصیات پروتئینهای افکتوری مانند مناطق سیگنال پپتیدی، تعداد و موقعیت اسیدآمینه سیستیین و باندهای دیسولفیدی و وزن مولکولی در Fol-LysM۱ و Fol-LysM۳ پیش بینی شد. در ادامه توالی کدکننده دو پروتئین مزبور در ژنوم FOLتکثیر و تعیین توالی شد و با بقیه پروتئین های اثرگذار دارای دومین LysM ازنظر فیلوژنتیکی و سازماندهی دومین ها مقایسه شد. این اولین گزارش از ردیابی ژن های اثرگذار دارای دومین LysM در FOL است که توالی Fol-LysM۱ با شماره دستیابی KU۵۲۲۳۰۵ در بانک ژن ثبت شد.
کلیدواژه ها:
plant-microbe interaction ، secreted protein ، vascular wilt disease ، پروتئین ترشحی ، برهم کنش مولکولی گیاه و بیمارگر ، بیماری پژمردگی آوندی
نویسندگان
Farhad Shokouhifar
Research Center for Plant Sciences, Ferdowsi University of Mashhad, Mashhad, Iran
Elahe Rabiei-Motlagh
Plant Pathology Department, College of Agriculture, Ferdowsi University of Mashhad. Mashhad, Iran
Nahid Abbaspour
Research Center for Plant Sciences, Ferdowsi University of Mashhad, Mashhad, Iran
Sahba Toosi
Research Center for Plant Sciences, Ferdowsi University of Mashhad, Mashhad, Iran
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :