شناسایی تنوع میکروبی سبزیجات شور تخمیر شده با آب گوجه فرنگی با استفاده از تکنیک نسل جدید توالی یابی

در سنجش فنوتیپی مجموع ۵۸ باکتری از ۳ نمونه سبزیجات تخمیری جدا گردید. جدایه های لاکتیکی براساس خصوصیات فنوتیپی در سطح جنس به صورت ۶۴% Lactobacillus، ۵% Pediococcus، ۴.۵% Leuconostoc و ۲۶.۵% جدایه ها غیرقابل تشخیص شناسایی گردیدند. این شناسایی توسط روش مولکولی مستقل از کشت براساس نسل جدید توالی یابی آمپلیکون های ژن ۱۶S ribosomal RNA کامل گردید. نواحی V۳ و V۴ از ژن ۱۶S rRNA تکثیر شد و توسط پلتفرم Illumina MiSeq توالی یابی شدند. داده ها با نرم افزار BaseSpace و بانک اطلاعاتی greengenes بررسی گردیدند. این آنالیز حضور ۷۷.۱۲% Lactobacillus، ۷.۵۱% Pediococcus، ۵.۶۱% Leuconostoc، ۱.۲۰% Acinetobacter، ۱.۰۰% Enterobacter، ۰.۳۵% Erwinia و ۰.۳۵% Dickeya به عنوان جنس های غالب و همچنین ۲.۷۹% باکتری غیرقابل طبقه بندی را در محصول نشان داد. در سطح گونه به صورت ۱۹.۳۲% Lactobacillus brevis ،۱۵.۷۱% Lactobacillus japonicus ، ۱۳.۲۵% Lactobacillus pentosus، ۱۰.۲۶% Lactobacillus senmaizukei، ۴.۶۰% Lactobacillus plantarum، ۲.۶۵% Leuconostoc mesenteroides ،۲.۳۲% Lactobacillus acidifarinae و ۱۷.۲۶% باکتری غیرقابل طبقه بندی شناسایی شدند. در سطح شناسایی جنس توسط هر دو سنجش فنوتیپی و مولکولی (NGS) نتایج مشابهی حاصل گردید. در این مطالعه، روش نسل جدید توالی یابی در شناسایی کامل جامعه میکروبی شوری سبزیجات با آب گوجه فرنگی آشکار کرد که فلور میکروبی لاکتیکی به عنوان فلور غالب شامل Lactobacillus، Pediococcusو Leuconostoc فرایند تخمیر را هدایت می کنند. به علاوه باکتری های غیرلاکتیکی شامل Acinetobacter، Enterobacter، Erwinia و Dickeya نیز می توانند نقش مهمی در فرایند رسیدگی شوری سبزیجات با آب گوجه فرنگی داشته باشند. باکتری هایی پروبیوتیکی نظیر Lactobacillus plantarum، Lactobacillus pentosus، Leuconostoc mesenteroides و Lactobacillus brevis نیز در این فراورده تخمیری شناسایی گردیدند.

کلیدواژه ها:

Next-Generation Sequencing ، pickled vegetable ، tomato juice ، fermentation. ، نسل جدید توالی یابی ، شوری سبزیجات ، آب گوجه فرنگی ، تخمیر