سیویلیکا را در شبکه های اجتماعی دنبال نمایید.

The Complete Genome Sequences of Two Recombinant Isolates of Squash Mosaic Virus from Iran

سال انتشار: 1400
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: انگلیسی
مشاهده: 132

فایل این مقاله در 14 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

JR_JASTMO-24-2_001

تاریخ نمایه سازی: 22 آبان 1402

چکیده مقاله The Complete Genome Sequences of Two Recombinant Isolates of Squash Mosaic Virus from Iran

Squash Mosaic Virus (SqMV) is a Comovirus that infects many cucurbit crops worldwide. In this study, the first two complete genome sequences of SqMV (BSQ and TSQ) from Iran were determined. The RNA genomes of isolates BSQ and TSQ were, respectively, 5,754 and 5,755 (RNA1) and 3290 and 3271 (RNA2) nucleotides (nt) in length, excluding the 3'-terminal poly (A) tail. RNA1 of both isolates encodes a single polyprotein of 1858 amino acids (aa). The identity between the two Iranian isolates (BSQ and TSQ) was 94.24% nt and 94.82% aa for RNA1 and 88.80% nt and 89.50% aa for RNA2. In comparison to other SqMV isolates, BSQ and TSQ shared the highest nucleotide sequence identities of 95.12 % to 93.56 % (RNA1), and 87.59 % to 87.19 % (RNA2), respectively, with the Spanish isolate (RZ-SqMV). Phylogenetic analysis based on complete genome sequences reveals that SqMV isolates cluster into three distinct groups. BSQ was clustered alongside a Spanish isolate in one group and TSQ was separately clustered with a Chinese and US isolates in another group. Recombination analysis revealed that BSQ (RNA1, 2) and TSQ (RNA2) were putative recombinants. BSQ had 6 recombination sites within 5'-UTR, helicase, protease, RdRP (in RNA1), SCP and 3'-UTR (in RNA2) regions, whereas TSQ had 4 recombination sites within 5'-UTR, MP (two breaking points) and LCP region.

کلیدواژه های The Complete Genome Sequences of Two Recombinant Isolates of Squash Mosaic Virus from Iran:

نویسندگان مقاله The Complete Genome Sequences of Two Recombinant Isolates of Squash Mosaic Virus from Iran

M. Gerami Nooghabi

Department of Plant Protection, Faculty of Agriculture, Ferdowsi University of Mashhad, Mashhad, Islamic Republic of Iran.

M. Mehrvar

Department of Plant Protection, Faculty of Agriculture, Ferdowsi University of Mashhad, Mashhad, Islamic Republic of Iran.

M. Zakiaghl

Department of Plant Protection, Faculty of Agriculture, Ferdowsi University of Mashhad, Mashhad, Islamic Republic of Iran.

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
Alvarez, M. and Campbell, R. N. ۱۹۷۸. Transmission and Distribution ...
Bananej, K. and Vahdat, A. ۲۰۰۸. Identification, Distribution and Incidence ...
Bertioli, D. J. and Burrows, P. R. ۱۹۹۵. A Simple ...
Boulila, M. ۲۰۰۷. Phylogeny and Genetic Recombination of Grapevine Fanleaf ...
Bradshow, J. D., Zhang, C., Hill, J. H. and Rice, ...
Chen, X. and Bruening, G. ۱۹۹۲. Nucleotide Sequence and Genetic ...
Di, R., Hu, C. C. and Ghabrial, S. A. ۱۹۹۹. ...
Chare, E. R. and Holmes, E. C. ۲۰۰۴. Selection Pressures ...
Frohman, M. A., Dush, M. K. and Martin, G. R. ...
Gibbs, A. J. and Ohshima, K. ۲۰۱۰. Potyviruses and the ...
Gholamalizadeh, R., Vahdat, A., Keshavarz, T., Elahinia, S. A., Sharaeen, ...
Gracia Arenal, F., Fraile, A. and Malpica, J. M. ۲۰۰۳. ...
Gu, H. and Ghabrial, S. A. ۲۰۰۵. The Bean Pod ...
Han, S. S., Yoshida, K., Karasev, A. V. and Iwanami, ...
Hasandokht, M. R., Zamani, Z., Moghadam, M. R. F. and ...
Haudenshield, J. S. and Palukaitis, P. ۱۹۹۸. Diversity among Isolates ...
Holness, C. L., Lomonossoff, G. P., Evans, D. and Maule, ...
Hu, J., Zhou, T., Liu, L., Peng, B., Li, H., ...
Huson, D. H. and Bryant, D. ۲۰۰۶. Application of Phylogenetic ...
Izadpanah, K. ۱۹۸۷. Squash Mosaic Virus as Cause of Melon ...
Jaegle, M., Wellink, J. and Goldbach, R. ۱۹۸۷. The Genome-Linked ...
Kehoe, M. A., Coutts, B. A., Buirchell, B. and Jones, ...
Kendrick, J. B. ۱۹۳۴. Cucurbit Mosaic Transmitted by Muskmelon Seed. ...
King, A. M. Q., Adams, M. J., Carstens, E. B. ...
Knuhtsen, H. K. and Nelson, M. R. ۱۹۶۸. Identification of ...
Krengiel, R., Vincente, A. C. P., Weyne, M., Shindo, N., ...
Kumar, S., Stecher, G. and Tamura, K. ۲۰۱۶. Mega۷: Molecular ...
Kwak, H. R., Kim, M. K., Lee, Y. J., Seo, ...
Li, R., Gao, A. S., Berendsen, B. S., Fei, C. ...
Luis-Arteaga, M. ۱۹۹۴. Enfermedades Producidas por Virus. In: “Enfermedades de ...
Luis-Arteaga, M. and Alvarez, J. M. ۱۹۹۸. Occurrence, Distribution, and ...
Maina. S., Owain, R. E. and Roger, A. C. ۲۰۱۷. ...
Martin, D. P., Lemey, P., Lott, M., Moulton, V., Posada, ...
Mayo, M. A. and Ftsch, C. ۱۹۹۴. A Possible Consensus ...
Mirtalebi, M. and Banihashemi, Z. ۲۰۱۹. Effect of Salinity on ...
Muhire, B. M., Varsani, A. and Martin, D. P. ۲۰۱۴. ...
Naroui Rad, M. R., Allahdoo, M. and Fanaei, H. R. ...
Nelson, M. R. and Knuhtsen, H. K. ۱۹۷۳. Squash Mosaic ...
Peter, S. A., Voorhorst, W. G. B., Wery, J., Wellink, ...
Petrzik, K., Hola, M. and Spak, J. ۲۰۰۵. Complete Nucleotide ...
Quentin, R., Richard, J. K. and Eckard, W. ۱۹۹۰. Characterization ...
Rajakaruna, P., Khandekar, S., Meulia, T. and Leisner, S. M. ...
Rott, M. E., Gilchrist, A., Lee, L. and Rochon, D. ...
Sanfacon, H., Wellink, J., Le Gall, O. Kaeasev, A., van ...
Sanfaçon, H. ۲۰۱۵. Secoviridae: A Family of Plant Picorna-Like Viruses ...
Shanks, M., Stanley, J. and Lomonossoff, G. P. ۱۹۸۶. The ...
Thompson, J. R., Kamath, N. and Perry, K. L. ۲۰۱۴. ...
Valli, A., Lopez-Moya, J. J. and Gracia, J. A. ۲۰۰۷. ...
Van Wezenbeek, P., Verver, J., Harmsen, J., Vos, P. and ...
Walker, M., Chisholm, J., Wei, T., Ghoshal, B., Saeed, H., ...
Walters, T. W. ۱۹۸۹. Historical Overview on Domesticated Plants in ...
Wellink, J., Rezelman, G, Goldbach, R. and Beyreuther, K. ۱۹۸۶. ...
Woelk, C. H. and Holmes, E. C. ۲۰۰۲. Reduced positive ...
Yijun, Q., Xueping, Z. and Debao, L. ۲۰۰۰. Complete Nucleotide ...
Yoshida, K., Goto, T., Nemoto, M. and Tsuchizaki, T. ۱۹۸۰. ...
Zhang, C., Gu, H. and Ghabrial, S. A. ۲۰۰۷. Molecular ...
نمایش کامل مراجع