ارزیابی روش های مختلف استخراج DNA از کیست ژیاردیا لامبلیا

سابقه و هدف: ژیاردیالامبلیا یکی از پاتوژن های تک یاخته ای مهم است که در طبقه بندی جزء تاژکدران روده ای قرار می گیرد ژیاردیازیس معمول ترین عفونت انگلی انسان در جهان است که باعث اسهال طولانی مدت می شود. هدف از این مطالعه مقایسه و ارزیابی ۵ روش مختلف استخراج DNA از کیست ژیاردیالامبلیا به منظور تعیین روش مطلوب بود. مواد و روش ها: این مطالعه بر روی ۳۰ نمونه مدفوع آلوده به انگل ژیاردیا صورت گرفت. تشخیص بیماری با تهیه گسترش مستقیم از نمونه مدفوع و رنگ آمیزی با لوگل بود.کیست های ژیاردیا به روش گرادیان سوکروز تخلیص شدند و ۵ روش مختلف استخراج بر روی این نمونه ها صورت گرفت. که شامل: ذوب و انجماد + گلوله های شیشه ای+ کیت ((FGK، ذوب و انجماد +فنل کلروفرم ایزو امیل الکل PCI))، جوشاندن + فنل کلروفرم ایزو امیل الکل، سونیکاسیون + فنل کلروفرم ایزو امیل الکل و ذوب وانجماد + نمک با غلظت بالا (High salt) بود. سپس واکنش یک مرحله ای PCR بر روی DNA استخراج شده در ناحیه ژنی gdh انجام گرفت. یافته ها: بالاترین و کمترین میانگین نسبت جذب نوری DNAOD)) به ترتیب مربوط به روش استخراج FGK از مدفوع و روش ذوب وانجماد + غلظت بالا نمک (High salt) است. همچنین بالاترین و کمترین میانگین غلظت به ترتیب مربوط به روش ذوب و انجماد + PCI و روش FGK است همچنین پس از الکتروفورز محصول PCR با استفاده از روش استخراج FGK اسمیری در باندها مشاهده نشد. کم ترین زمان استخراج (۲h>) مربوط به روش FGK بود. استنتاج: نتایج مطالعه حاضر نشان داد جهت رفع اشکالات استخراج DNA از کیست های ژیاردیا و کاهش زمان استخراج استفاده از گلوله های شیشه ای (Glass beads) و سپس کیت استخراج Accu prep (Bioneer) روشی مطلوب و دارای بیشترین کارآیی می باشد.

کلیدواژه ها:

Giardia lamblia ، fecal samples ، DNA extraction ، Accu prep stool DNA extraction Kit ، PCR ، ژیاردیالامبلیا ، نمونه های مدفوع ، استخراج DNA ، کیت استخراج PCR ، Accuprep