بررسی ژنومیک پروتئین Apa در مایکوباکتریوم توبرکلوزیس سویه های H۳۷Rv و Beijing

مقدمه و هدف: جستجو برای شناسایی ژن ها و پروتئین های مایکوباکتریوم توبرکلوزیس که قادر به ایجاد ایمنی محافظتی در برابر سل هستند، به دلیل تجدید حیات سل در دو دهه گذشته افزایش یافته است. هدف از این مطالعه بررسی بررسی ژنومیک پروتئین Apa در مایکوباکتریوم توبرکلوزیس سویه های H۳۷Rv و Beijing می باشد. روش کار: این مطالعه به صورت توصیفی-تحلیلی در مرکز تحقیقات مایکوباکتریولوژی پژوهشکده سل و بیماری های ریوی بیمارستان مسیح دانشوری تهران انجام گردید. در این مطالعه ابتدا داده های ژنومی مایکوباکتریوم توبرکلوزیس سویه های H۳۷Rv و Beijing و پروتئین Apa به ترتیب از NCBI و پایگاه اطلاعات پروتئینی PDB جمع آوری گردید. میانگین اندازه ژن، تعداد ژن و درصد CG در هر دو باکتری مقایسه شدند، همچنین میزان برهمکنش پروتئین APa نیز با استفاده از روش داکینگ مولکولی با استفاده از نرم افزار AutoDock Vina ۱.۲.۳ مورد بررسی قرار گرفت. ارتباط خصوصیات ژنومی با چندین خصوصیت دیگر مانند جایگاه های مهم چسبندگی پروتئین APa در این مایکوباکتریوم ها مورد تحلیل و بررسی قرار گرفت. نتایج: تجزیه و تحلیل ژنومی M. tuberculosis (سویه های مرجع H۳۷Rv و Beijing) نشان داد که ژن apa به عنوان یک کپی روی ژنوم وجود دارد. هویت N-ترمینال یا همسانی مولکول های خالص H۳۷Rv و Beijing و ترکیبات اسید آمینه مشابه یونیورسال آنها مطابقت کامل بین آنالیزهای ژنومی را نشان داد. وجود درصد بالایی از پرولین (۲۱.۷%) در این پروتئین تایید شد و جرم مولکولی ظاهری بالاتر (۴۷/۴۵کیلو دالتون) تعیین شده توسط پایگاه PDB را به دلیل باقی مانده های پرولین می توان توصیف کرد، همچنین ارتباط اندازه ژن، تعداد ژن، جایگاه فعال پروتیین APa و درصد C+G با خصوصیات بیماری زایی مورد بررسی قرار گرفت. اندازه ژنوم در H۳۷Rv و Beijing ارتباط معناداری با خصوصیاتی مانند درصد C+G، جایگاه فعال پروتیین، تعداد ژن ها و بیماری زایی مایکوباکتریم های مورد بررسی داشت. نتیجه گیری: نمایش توانایی پروتئین Apa برای محافظت در برابر چالش M. tuberculosis در بررسی ژنومی نشان می دهد که فعالیت سلول های ایمنی میزبان نسبت به پروتئین Apa ممکن است یک جزء مهم از پاسخ ایمنی محافظتی به عفونت مایکوباکتریایی باشد. این رویکرد غربالگری اولیه برای پاسخ سلول های ایمنی در انسان های سالم به شناسایی بسیاری از آنتی ژن های سلول های ایمنی بیشتر M. tuberculosis منجر می شود که می تواند اجزای منطقی واکسن موثر سل را تشکیل می دهند

کلیدواژه ها:

و APa ، مایکوباکتریوم توبرکلوزیس ، H۳۷Rv ، Beijing ، بیماری زایی ، درمان