جداسازی و مطالعه بیوانفورماتیکی ژن GAPDH در سیاه دانه Nigella Sativa

گلیسرآلدئید ۳-فسفات دهیدروژناز (GAPDH) یک ژن خانه دار شناخته شده است که در مسیر واکنشی گلیکولیز فعالیت دارد. GAPDH سیتوپلاسمی به عنوان یک تترامر وجود دارد که به طور معمول واسطه تشکیل ATP و NADH در طی گلیکولیز است. در این بررسی به منظور مطالعه ساختار ژن GAPDH در گیاه سیاه دانه یک جفت آغازگر طراحی و سپس بخشی از ژن ایزوله گردید. طول این قطعه جدا شده حدودbp۴۴۳ می‎باشد. شماره دست‎یابی برای توالی نوکلئوتیدی ژن مذکور در بانک ژن،KM۰۱۷۰۱۱ می‎باشد. برای این ژن یک پروتئین به طول ۱۴۷ اسید آمینه با وزن تقریبی kDa۱۶/۲۹پیش‎بینی گردید. نقطه ایزوالکتریک و ضریب ناپایداری این پروتئین به ترتیب ۹/۷ و ۷۴/۹ است. در ساختار این پروتئین اسید آمینه‎های والین و لیزین با فراوانی ۱۵ و ۱۶ واحدی فراوان‎ترین میزان اسیدآمینه را به خود اختصاص دادند. نتایج بلاست نوکلئوتیدی حاکی از شباهت بالای ۹۹% توالی NsGAPDH ایزوله شده با توالی AtGAPDH (NM۱۰۱۲۱۴) در گیاه آرابیدوپسیس بود. درخت فیلوژنتیکی ترسیم شده بوسیله نرم افزار MEGA۷ بر اساس توالی پروتئینی حاکی از گروه‎بندی نزدیک NsGAPDH با پروتئین‎ گیاه Macleaya cordata بود. نتایج PSIPRED حاکی از وجود ۶ مارپیچ آلفا، ۸ صفحات بتا و ۱۵ پیچش تصادفی در ساختمان پروتئین NsGAPDH بود.

کلیدواژه ها:

بیوانفورماتیک ، GAPDH ، MEGA ، Nigella sativa ، پروتئین