Molecular docking study of anti-viral FDA-approved drugs as novel entry and replication Ebola viral inhibitors

زمینه و هدف: به دلیل قدرت و شیوع بالای عفونت­زایی و عدم داروی مناسب ویروس ابولا طی سال های اخیر، پژوهش­هایی در خصوص کشف و معرفی داروهای ضد ابولا انجام شده است. هدف از این پژوهش بررسی بیوانفورماتیکی مهار ورود و تکثیر ویروس ابولا توسط داروهای مجوزدار غیر ویروسی است. مواد و روش­ها: این پژوهش به روش توصیفی- تحلیلی انجام گرفت. برای انجام این بررسی بیوانفورماتیکی، در ابتدا ساختار شیمیایی ترکیبات با استفاده از نرم افزار ChemDraw Ultra۱۰.۰ ترسیم شد سپس به­منظور بهینه­سازی انرژی، به نرم­افزار Hyperchem۸ انتقال یافت. مطالعات داکینگ به­وسیله نرم­افزار AutoDock۴.۲ انجام شد و در مرحله نهایی، مورد آنالیز و تجزیه وتحلیل قرار گرفت. نتایج: یافته­های مطالعه حاضر نشان داد که پیوندهای درگیر در اتصال دارو با گیرنده­ها، پیوند هیدروژنی، اتصالات هیدروفوبی، π-π و کاتیون-π می باشند. در میان تمام ترکیبات موردمطالعه، بهترین نتایج داکینگ مربوط به داروهای آمودیاکین، دیفنوکسیلات و کلروکینون است. در حقیقت این سه دارو با منفی­ترین سطح انرژی اتصال تمایل بیشتری برای اتصال به اسیدهای آمینه جایگاه اتصال پروتئین­های­ GP و VP۴۰ دارند. ضعیف­ترین نتایج داکینگ مربوط به دو داروی دیریترومایسین و اریترومایسین است زیرا هیدروفیلیسیته این دو دارو بسیار زیاد است. به طورکلی، وجود بخش­های هیدروفوب، آمین نوع سوم و پیوندهای هیدروژنی بهینه باعث افزایش قدرت ضد ابولای داروها می شود. نتیجه­ گیری: بر اساس نتایج به دست آمده از مطالعات بیوانفورماتیکی، تمام داروها تاثیرات مهاری خوبی را در جایگاه اتصال گیرنده­ها از خود نشان می دهند و می توانند به­عنوان مهارکننده­های موثر ورود و تکثیر ویروس ابولا مطرح شوند.

کلیدواژه ها:

Docking ، Ebola viral ، Drug repositioning ، VP۴۰ ، GP ، داکینگ ، ویروس ابولا ، drug repositioning ، پروتئین ماتریس ویروسی اصلی ۴۰ ، گلیکو پروتئین