نظریه و شبیه سازی گره پلیمر نیمه انعطاف پذیر محدود شده در کره و تاثیرات آن بر بسته بندی و خروج پلیمر

اسید دئوکسی ریبونوکلئیک همان DNAماده ارثی است که در سلول بدن انسان و تقریبا همه موجودات دیگر به طور فشرده و به شکل ژن ها و کروموزوم ها درآمده است که برای تکثیر یا رونویسی ابتدا باید از حالت فشرده در بیاید تا بتواند با آنزیم ها واکنش داشته باشد. در هنگام بسته بندی شدن DNA درون هسته سلول، امکان دارد گره های پیچیده تشکیل شود که به اصطکاک توپولوژیکی یا ساختاری DNA نیز بستگی دارد. برای بررسی دینامیک این زنجیره ی محدود می توان، یک رشته پلیمر نیمه انعطاف پذیر محصورشده در یک نانوکره را شبیه سازی و اثرات محدودیت را روی بسته بندی و خروج آن بررسی کرد و تاثیر طول و طول ایستایی رشته پلیمر (DNA ) بر فراوانی گره را بیابیم. در این مطالعه، با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی عوامل اصلی جهت بسته بندی رشته پلیمر نیمه انعطاف پذیر به درون نانوکره از طریق یک نانو حفره بررسی می شود. ساختار نهایی پس از بسته بندی ( تعداد و پیچیدگی گره) و سرعت بسته بندی از پارامترهای قابل توجه هستند. نتایج نشان می دهد با افزایش طول رشته پلیمر و طول ایستایی، گره های پیچیده ای تشکیل می شود که پیشنهاد می شود برای طول های بزرگتر پلیمر، شبیه سازی مجدد انجام شود.

کلیدواژه ها:

پلیمر نیمه انعطاف پذیر ، نانوکره ، DNA ، طول ایستایی ، گره.