استفاده از تعاملات پروتئینها در بازسازی شبکههای تنظیمکنندهی ژنی با استفاده از شبکهی بیزین و دادههای بیان ژن میکروآرایه

شبکهی تنظیمکنندهی ژنی مجموعهای از ژنها میباشند که با هم و با مواد دیگر در سلول تعامل دارند و به این وسیله نرخ رونویسی ژن ها به mRNA را کنترل می کنند. با مدلسازی این شبکه ها، می توان عملکرد سلولی را در سطح مولکولی تحلیل نمود. روش آزمایشگاهی میکروآرایه های DNA امکان اندازه گیری همزمان بیان هزاران ژن را فراهم می کند. به منظور مدلسازی شبکه های ژنی از دادههای میکروآرایه از تکنیکهای مختلفی استفاده شده است. با این وجود استفاده از فقط دادههای میکروآرایه برای تخمین صحیحاین شبکهها کافی نیست؛ لذا روشهائی برای استفاده از انواع دیگر اطلاعات بیولوژیکی به همراه دادههای میکروآرایه به منظور بهبودنتایج مدلسازی ارائه شدهاند. در این مقاله، از ترکیب دادههای میکروآرایه و تعاملات پروتئینی برای بازسازی شبکههای ژنتیکی به کمکشبکهی بیزین استفاده شده است؛ به این صورت که برای ارتباطات با و بدون تعاملات پروتئینی در شبکه، سطوح انرژی متفاوتی در نظر گرفته می شود. نتایج به دست آمده بر روی داده های سری زمانی مربوط به چرخه ی سلولی مخمر (Yeast) نشان می دهند که روش ارائه شده، توانائی شبکه ی بیزین را در تشخیص روابط درست به حد قابل توجهی بهبود میدهد (افزایش صحت از % 62 به % 76).

کلیدواژه ها:

تعاملات پروتئینی ، دادههای سریزمانی میکروآرایه ، شبکهی بیزین ، شبکههای تنظیمکنندی ژنتیکی