طراحی بهینه پرایمر و پروب های مورد استفاده در تشخیص مولکولی مقاومت آنتی بیوتیکی لینزولید ، کلوفوزآمید و کلاریترومایسین به روش Real-Time PCR

مقدمه و هدف: طراحی پرایمرها و پروبها یکی از مهمترین عوامل موثر بر موفقیت و کیفیت آنالیزهایReal-Time PCR است، زیرا تعیین کمیت دقیق و مطمئن، به استفاده از پرایمرها و پروبهای کارآمد بستگی دارد. طراحی پرایمرها و پروبها باید چندین معیار را برای یافتن پرایمرها و پروبهای بالقوه برای سنجش Real-Time PCR داشته باشد. از تشکیل پرایمر-دایمرها و سایر محصولات غیر اختصاصی باید اجتناب کرد. این عامل به ویژه هنگام طراحی پرایمر برای پروتکل های SYBR® Green و همچنین در طراحی پروب ها برای اطمینان از ویژگی پروتکل Real-Time PCR مهم است. چهار ماده شیمیایی فلورسنت که معمولا در طراحی پروب و پرایمر-Real Time PCRمورد استفاده قرار می گیرند، رنگ های SYBR® Green و پروب هایTaqMan® ، Molecular Beacon یا Scorpionهستند. SYBR® Green بسیار ساده و مقرون به صرفه است .روش کار: برای طراحی پرایمرها و پروبها برایqPCR ، برنامه ها و وبسایتهای متعدد نرمافزاری در دسترس هستند که تعداد زیادی از آنها رایگان هستند . این ابزارها اغلب الزامات پیشفرض برای پرایمرها و پروبها را در نظر میگیرند، اگرچه پیشرفتهای تحقیقاتی جدید در طراحی پرایمر و پروب باید به تدریج به برنامه های الگوریتم مختلف اضافه شود. این تمرین آزمایشگاهی برای کسانی در نظر گرفته شده است که پیشینه اساسی در PCR دارند .نتایج: پس از طراحی مناسب، اعتبارسنجی دقیق پرایمرها و پروب ها ضروری است. هنگام طراحی پرایمرها و پروبها برای Real-Time PCRباید ملاحظات خاصی در نظر گرفته شود .نتیجه گیری: این مطالعه دستورالعملهایی را برای طراحی پرایمرها و پروبهای مناسب و اعتبارسنجی بعدی آنها از طریق توسعهپروتکلهای Real-Time PCRارائه میکند.

کلیدواژه ها:

Real-Time PCR ، طراحی پرایمر ، طراحی پروب ، مقاومت دارویی