موقعیت فیلوژنتیکی جدایه های همدان ویروس کوتولگی زرد جو با استفاده از ترادف ژن پلیمراز: اولین گزارش گونه BYDV-PAS در ایران

ویروس کوتولگی زرد جو (barley yellow dwarf virus, BYDV)به طور قابل توجهی باعث کاهش محصول غلات و سایرگیاهان خانواده گندمیان در سراسر جهان می شود. مطالعات انجام شده نشان می دهد که این ویروس در اکثر نقاط ایران پراکنش دارد. در بهار سال های ۱۳۹۹ و ۱۴۰۰ نمونه های گیاهی دارای علائم بیماری، از مزارع گندم و جو شهرستان های استان همدان جمع آوری شدند. آزمون الایزای غیرمستقیم با استفاده از آنتی بادی اختصاصی BYDV انجام شد و نتایج نشان داد که درصد بالایی از نمونه های جمع آوری شده به BYDV آلوده بودند. پس از استخراج آر ان ای کل، آزمون RT-PCR با استفاده از آغازگرهای اختصاصی BYDV-PAV که سویه رایج این ویروس در اکثر مناطق کشور می باشد، انجام شد. نتایج آزمون RT-PCR، آلودگی به BYDV را تایید نمود. به منظور مقایسه مولکولی ژن پلیمراز و تبارزایی بر اساس این ژن، دو جدایه از شهرستان های اسدآباد و همدان انتخاب و ژن پلیمراز آنها تعیین ترادف شدند. مقایسه توالی های حاصل نشان داد که جدایه همدان بیشترین شباهت را با جدایه های کهنوج، کرج، یزد و اراک دارد (با شباهت حدود ۹۵% تا ۹۶%). جدایه های مذکور به دلیل شباهت کم با سایر جدایه های موجود در بانک ژن به عنوان یک گونه مجزا پیشنهاد شدند. جدایه اسدآباد بیشترین شباهت را با BYDV-PAS آمریکا و استونی داشت (با بیش از ۹۲% شباهت). نتایج حاصل از تبارزائی نشان داد که جدایه های ایرانی BYDV براساس ژن پلیمراز در سه گروه مجزا قرار گرفتند که نشان دهنده وجود تنوع بالا در ژن پلیمراز این ویروس است. تحقیق حاضر اولین گزارش از ردیابی گونه BYDV-PAS در ایران می باشد.

کلیدواژه ها:

ترانویسی معکوس-واکنش زنجیره ای پلیمراز ، ژن پلیمراز ، ویروس کوتولگی زرد جو