بررسی تنوع ژنومی ارقام پسته مقاوم و حساس به آفت پسیل با استفاده از روش توالی یابی کل ژنوم

پسته یکی از مهم ترین محصولات باغی است که به دلیل دوپایه بودن و هتروزیگوسیتی بالا، دارای تنوع ژنتیکی زیادی است، از این رو شناسایی تنوع ژنتیکی موجود در بین ژنوتیپ های پسته در جهت اصلاح و تولید ارقام مقاوم به پسیل اهمیت ویژه ای دارد. پسیل پسته یکی از مهم ترین آفات درخت پسته است که پوره و حشرات بالغ این آفت با مصرف شیره گیاه سبب افزایش میزان پوکی، عدم خندانی و همچنین کاهش عملکرد می شود. در این پژوهش چندشکلی های تک نوکلئوتیدی و حذف و اضافه کوچک در چند رقم ایرانی پسته حساس (اکبری، کله قوچی، احمدآقایی، ممتاز) و مقاوم (بادامی زرند، حاج عبداللهی، ایتالیایی، سرخس) به پسیل مورد بررسی قرار گرفت. ابتدا خوانش ها با ژنوم مرجع هم ردیف شدند و سپس چندشکلی های تک نوکلئوتیدی و حذف و اضافه های کوچک مشخص شدند. درصد هم ردیفی خوانش ها با ژنوم مرجع بالای ۹۶ درصد بود که نشان دهنده کیفیت بالای هم ردیفی بود. ارقام حساس به ترتیب دارای ۲۹۲۰۶۸۸ و ۷۰۱۱۰۹ و ارقام مقاوم دارای ۲۹۱۹۸۹۸ و ۷۰۱۰۰۰ چندشکلی تک نوکلئوتیدی و حذف و اضافه کوچک بود. در مجموع، نتایج تجزیه و تحلیل داده ها نشان داد که تنوع ساختاری و چندشکلی تک نوکلئوتیدی و حذف اضافه کوچک ژنوم در ارقام حساس بیشتر از ارقام مقاوم است.

کلیدواژه ها:

Pistachio ، Nucleotide diversity ، Pest resistance ، Whole genome sequencing ، GATK ، پسته ، تنوع نوکلئوتیدی ، توالی یابی کل ژنوم ، مقاومت به آفت ، GATK