داکینگ مولکولی رنگدانه ویولاسئین با برخی از پروتئین های ویروسی

ویولاسئین یک رنگدانه زیستی است که توسط برخی از باکتری های گرم منفی تولید میشود و در آب نامحلول است . این رنگدانه خواص ضد توموری ، ضد قارچی و ویروسی نیز دارد ؛ بیوسنتز این رنگدانه از بهم پیوستن دو مولکول ال-تریپتوفان آغاز میشود و در ادامه توسط آنزیم های کد شده از اپرون پنج ژنی VioA,B,C,D,E به ویولاسئین تبدیل میشود. ویولاسئین میتواند به عنوان یک لیگاند برای برخی از پروتئین های ویروسی عمل کند. امروزه با افزایش حجم داده های زیستی و ساختار های ملکولی ، روش های in silico به یکی از سریع ترین و کاربردی ترین روش های برای برسی و برهمکنش های ملکولی تبدیل شده است که میتواند قبل از انجام ازمایشات تجربی انجام گیرد. در این مطالعه رنگدانه ویولاسئین به عنوان یک لیگاند برای چند پروتئین مهم ویروسی در نظر گرفته شد که در ایجاد بیماری زایی ویروس نقش دارند. داکینگ با استفاده از نرم افزار AutoDock vina انجام شد و نتایج حاصل از داکینگ با استفاده از نرم افزار های Discovery Studio و LigPlot+ مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند که در نهایت مشخص شد که ویولاسئین میتواند با این پروتئین های ویروسی برهمکنش های هیدروژنی و هیدروفوبی داشته باشد.

کلیدواژه ها:

رنگدانه ویولاسئین ، بیوانفورماتیک ، داکینگ ملکولی