بررسی اثر مهاری ترکیبات موجود در گیاه شیرین بیان بر روی wnt۱۰b در محیط in silico

مقدمه: پروتئین ها ی Wntخانواده بزرگی هستند که مسیر سیگنال دهی توسط این خانواده یکی از مکانیسم های اساسی است که تکثیر سلولی، قطبیت سلولی و تعیین رونوشت سلولی را در طی رشد جنینی و هموستاز بافت هدایت میکند.این گلیکولیپوپروتئین های ترشحی در بالغین یکی از عمده دلایل انواع سرطان ها می شوند. به عبارت دیگر جهش و افزایش بیان ژنی این پروتئین با سرطان های گوناگونی از جمله کارسینوم هپاتوسلولار سرطان پستان، سرطان روده بزرگ، سرطان ریه، سرطان تخمدان و ... مرتبط است.بررسی های انجام شده نشان داد wnt یکی از کلیدی ترین اعضای سیستم بتا کتنین می باشد که مهار آن سبب کنترل چشمگیر سرطان می باشد .هدف این مطالعه استفاده از تکنیک مدلسازی کامپیوتری جهت ارزیابی پتانسیل ترکیبات شیمیایی عمده گیاه شیرین بیان (Glycyrrhiza glabra) برای مهار پروتئین wnt می باشد. مواد و روش ها: با مطالعه مقالات موجود، ۱۳ترکیب شیمیایی عمده موجود در گیاه شیرین بیان تهیه شد و ساختار شیمیایی آن ها از پایگاه داده PubChem بدست آمد. لیگاندها با نرم افزار ChemSketch طراحی شدند. با بررسی های صورت گرفته، پروتئین wnt به عنوان یکی از مهمترین اجزای مورد نیاز جهت فعالیت سیستم بتا کتنین به عنوان پروتئین هدف انتخاب گردید. توالی این پروتئین از بانک اطلاعاتی پروتئین یونی پرات (O۰۰۷۴۴) بدست آمد و با استفاده از پایگاه داده itasser شبیه سازی پروتئین انجام شد. داکینگ پروتئین- لیگاند با نرم افزار PyRx تعریف شد و در نهایت تجزیه و تحلیل اطلاعات بدست آمده از فایل گزارش گردید صورت گرفت.نتایج: بر اساس جدول RMSD بدست آمده از فایل گزارش، مشخص شد که هر۱۳ترکیب موجود در گیاه شیرین بیان با انرژی اتصال مناسبی می توانند به پروتئین هدف متصل شوند. در این بین۱۳لیگاند مورد بررسی ترکیب glycyrrhetinic acid با انرژی اتصال مناسب ۹kcal/mol - بهترین اتصال را با پروتئین هدف برقرار می کند؛ که از لحاظ فضایی این ترکیب بهترین ممانعت فضایی را در جایگاه فعال ایجاد می کند. همچنین ترکیب Formononetin با انرژی اتصال kcal/mol ۵/۸- در بین۱۳ لیگاند مورد آزمایش کمترین میل اتصال را داراست اما مناسب را نشان داد.نتیجه گیری: بر اساس این مطالعه تمامی ترکیبات عمده گیاه شیرین بیان از نظر بیوانرژتیک تمایل مناسبی برای مهار جایگاه فعال پروتئین wnt دارند. با مهار شدن این پروتئین فعالیت سلول سرطانی تا حد زیادی مختل می شود و در نتیجه روند رشد سلول سرطانی را کاهش می دهد. بدین منظور می توان ترکیبات گیاه شیرین بیان را وارد فاز دینامیک مولکولی گرداند و یا گیاه یا هر کدام از ترکیبات این گیاه مورد خالص سازی مطالعات آزمایشگاهی روی آن صورت داد.

کلیدواژه ها:

wnt ، سرطان ، شیرین بیان ، مدلسازی کامپیوتری