شبیه سازی دینامیک مولکولی و بررسی تغییرات کنفورماسیونی پروتئاز نوترکیب

هدف: مهندسی آنزیم نوترکیب سرین پروتئازدرباکتری Bacillus pamilus به عنوان بهترین نوع پروتئازبرای حذف پروتئین های موجود درآلودگی با تحمل PH بالاوعملکردمناسب درمقایسه بایک پروتئین اولیه درترکیبات شوینده ایجادگردید.لذا با ایجاد چندین موتانت جایگزینی درژن کد کننده سرین پروتئازمیتوان DNAموتانتی درون وکتور PHT۰۱ طراحی نمود. مواد و روش ها:جهت بررسی نحوه میانکنش آنزیم سرین پروتئاز نوترکیب و انواع پروتئین ها از جمله هموگلوبین به عنوان سوبسترا موردنظر از نرم افزار Cluspro به منظور داکینگ پروتئین- پروتئین استفاده شد. همچنین شبیه سازی در فضای لینوکس با استفاده از نرم افزار گرومکس انجام گردید. نتایج میانکنش آنزیم سرین پروتئاز نوترکیب با هموگلوبین نشان از میل اتصالی بالا و پایداری کمپلکس بوده است. شبیه سازی در فضای لینوکس انجام و نتایج حاصل از RMSD و شعاع ژیراسیون مشخص گردید که حاکی از ثبات و پایداری کمپلکس پروتئین و سوبسترا می باشد.

کلیدواژه ها:

پروتئین نوترکیب ، سرین پروتئاز ، داکینگ مولکولی ، باکتری باسیلوس پامیلوس