تعیین ویژگی های ژنوم کامل یک جدایه ویروس کوتولگی زرد جو (BYDV-PAV) از ایران

ویروس های کوتولگی زرد جو یکی از مهمترین ویروس های غلات در دنیا می باشند. بررسی های انجام شده بیانگر پراکنش ویروس های کوتولگی زرد جو (Barley yellow dwarf virus, BYDV) و غلات (Cereal yellow dwarf virus, CYDV) در کشور و غالب بودن BYDV-PAV می باشد. به منظور تعیین ترادف کامل ویروس کوتولگی زرد جو (BYDV-PAV) در ایران، جدایه ای از منطقه اسفندقه از استان کرمان که دارای علائم شدید آلودگی به ویروس مذکور بود انتخاب شد. استخراج آر. ان. ای کل از بافت گیاهی آلوده به ویروس با استفاده از کیت TM RNX (-plus) (شرکت سیناژن) انجام شد. کل ژنوم ویروس با استفاده از نه جفت آغازگر اختصاصی PAV با روش RT-PCR تکثیر شد. قطعه های تکثیرشده با استفاده از InsT/AClone PCR Product Cloning Kit (Fermentas) در پلاسمید PTZ۵۷R/T وارد و در سویه  DH۵αباکتری Escherichia coliهمسانه سازی شد. آنالیز ترادف نوکلئوتیدی کامل نشان داد که جدایه کرمان ویروس کوتولگی زرد جو (KP۷۷۱۸۷۸) با ۹۴% در صد تشابه با جدایه های AF۲۳۵۱۶۷ (از ایلی نویز آمریکا) و EF۰۴۳۲۳۵ (جدایه کانزاس از آمریکا) در یک گروه قرار می گیرند در حالیکه در صد تشابه این جدایه با سایر جدایه های موجود در بانک ژن کمتر از ۹۰% می باشد و کمترین در صد تشابه آن با جدایه AY۸۵۵۹۲۰ از چین (۷۸%) است. نتایج حاصل از مقایسه ترادف ها در سطح هر یک از ژن ها نیز، وجود تنوع زیاد در بین جدایه های این ویروس و همچنین احتمال نوترکیبی ژن ها را تایید می نماید. به طوری که ORF۴ حفاظت شده ترین و ORF۶ متغیرترین ناحیه در ژنوم این ویروس است.

کلیدواژه ها:

آغازگر اختصاصی ، RT-PCR ، تعیین ترادف کامل ، آنالیز ترادف نوکلئوتیدی ، Luteoviruses