بررسی تغییرهای تکاملی اسیدهای چرب و پروتئین های ذخیره ای در سه گونه Brassica با روش ژنومیکس مقایسه ای

سابقه و هدف: Brassica napus دارای یکی از مهمترین محصولات روغنی در جهان است که به دنبال هیبریداسیون بین گونه ای Brassica rapa و Brassica oleracea، تحت بازسازی گسترده ژنوم قرار گرفته است. به منظور درک تغییرات کارکردی ژنوم B. napus در طی تکامل، مقایسه بیان ژن در سه گونه Brassica انجام شد. مواد و روش ها: اطلاعات اولیه بذر سه کتابخانه Brassica از بانک اطلاعات دانشگاه هاروارد جمع آوری شد. برای پیدا کردن شباهت بین سه کتابخانه، همه توالی های EST با استفاده از نرم افزار EGassembler دسته بندی شدند. سپس همه کانتیگ ها به وسیله جستجوگر بلاست X توسط نرم افزارCLC Protein Workbench در مقابل پروتئین های غیر تکراری بانک ژن آنالیز شدند. برای شناسایی ژنهای با بیان متفاوت در بین کتابخانه ها، نرم افزارIDEG۶ مورد استفاده قرار گرفت. برای دسته بندی کاتالوگ های عملکردی، ابزار طبقه بندی MapMan استفاده شد. یافته ها: مقایسه بیان ژن بین۳ گونه نشان داد که ۲۳ ژن در ۵ گروه کارکردی شامل اسیدهای چرب، پروتئین های ذخیره ای، اسید های آمینه، تنظیم رونویسی و پیام رسانی از نظر آماری تفاوت معنی دار دارند. نتیجه گیری: در حالیکه B. rapa و B. oleracea بیشترین تعداد EST موثر در بیوسنتز اسید چرب اروسیک و اسید لینولنیک را رمزگذاری می کنند، ژنوم در B. napus به سمت تولید اسید اولئیک و اسید لینولئیک بیشتر تکامل یافته است که ممکن است به دنبال حذف و یا مضاعف شدگی ژنوم در طی تکامل ایجاد شده باشد. به علاوه، رونوشت های کروسیفرین ۴۰ درصد کل رونوشت های پروتئین های ذخیره ای بذور را تشکیل داد. این مطالعه زمینه ساز انجام تحقیقات بیشتر در زمینه پیامدهای ژنتیکی پلی پلوئیدی طی تکامل در راستای به نژادی کلزا است.

کلیدواژه ها:

Gene expression ، Expressed sequence tags ، Functional catalogs ، Hybridization ، Iau Science ، بیان ژن ، برچسب های توالی بیان شده ، گروه های کارکردی ، هیبریداسیون ، Iau Science