مقایسه گسترده ژن BRI۱ بر اساس خصوصیات فیزیکوشیمیایی و پیش بینی تغییرات پس از ترجمه با استفاده از ۱۴ ژنوم گیاهی

براسینواستروئیدها (BRs) به عنوان فیتوهورمونهای استروئیدی شناخته می شوند که نقش مهمی در فرآیندهای مختلف سلولیاز جمله تقسیم و توسعه سلول، تمایز بافتی، پیری، گلدهی و پاسخ به تنش های غیرزنده دارند. هورمون های BR به دامنه هایخارج سلولی گیرنده تکرار غنی از لوسیم BR Insensitive ۱ (BRI۱) متصل می شوند. BRI۱ در تعامل با هورمون، پاسخ هایBR را مستقیما کنترل می کند، سپس آبشار سیگنالینگ مبتنی بر فسفوریلاسیون/ دفسفوریلاسیون را شروع می کند که فعالیترونویسی ژن های پاسخ دهنده BR را کنترل می کند. در تحقیق حاضر، تجزیه و تحلیل مقایسه ای ۱۴ پروتئین BRI۱ از نظرخصوصیات فیزیکوشیمیایی و پیش بینی تغییرات پس از ترجمه با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیک صورت پذیرفت. توالیژن BRI۱ از ژنومهای Zea mays ، Sesamum indicum ، Oryza sativa ، Helianthus annuus ، Nicotiana attenata ،Nicotiana tabacum ، Solanum lycopersicum ، Solanum tubrosum ، Arbidopsis thaliana ، Camelina sativa ، Brassica napus ، Brassica napus ، Cucumis sativus و Eucalyptus grandis در پایگاه NCBI جستجو و دریافت گردید که یکتجزیه و تحلیل گسترده از ژن BRI۱ در گیاهان یک لپه و دولپه است. تعداد اسیدهای آمینه پروتئین BRI۱ به ترتیب درتک لپه های Zea mays و Oryza sativa از ۲۳۱ تا ۱۱۲۱ اسیدآمینه بود و دامنه طول پروتئین های BRI۱ در گیاهان دولپه از۱۰۷۲ تا ۱۲۱۷ اسیدآمینه بود که کمترین طول اسیدآمینه به Helianthus annuus و بیشترین به Sesamum indicum اختصاصیافت. وزن مولکولی (MW) پروتئین های مورد مطالعه در تک لپه ها از ۲۴/۳۱۳ تا ۱۲۰/۱۸۱ کیلو دالتون بود، اما در دولپه ها از۱۱۶/۱۲۴ تا ۱۳۲/۹۱ بود. نقطه ایزوالکتریک (pI) برای بیشتر پروتئین ها در یک لپه و دولپه ها نزدیک به pH اسیدی بود. نتایجبه دست آمده با استفاده از ابزار ProtParam نشان داد که تمام پروتئین های مورد مطالعه به جز در تک لپه Zea mays پایداربودند. کمترین شاخص آلیفاتیک ۵۶ در تک لپه Zea mays و بالاترین شاخص آلیفاتیک ۹۸/۷۲ در دو لپه Nicotiana attenataمشاهده شد. ارزش GRAVY برای تک لپه ها در دامنه ۰/۰۴۳- تا ۰/۷۵۴- بود و در دولپه ها از ۰/۱۰۹- تا ۰/۰۱۴ پیش بینیشد. به نظر می رسد پروتئین BRI۱ در گیاهان مورد مطالعه آب دوست می باشند که می تواند در حلالیت آنها تاثیر بگذارد.جایگاه های بالقوه N- گلیکوزیلاسیون و فسفوریلاسیون برای ۱۴ توالی پروتئین پیش بینی شد. با توجه به نتایج پیش بینی جایگاه های فسفوریلاسیون، گیاه تک لپه Zea mays با ۴۵ جایگاه و دولپه Sesamum indicum با ۱۴۵ جایگاه به ترتیبکمترین و بیشترین جایگاه فسفوریلاسیون را به خود اختصاص دادند. در Zea mays یک جایگاه گلیکوزیلاسیون و بیشترینتعداد جایگاه های گلیکوزیلاسیون در Cucumis sativus با ۹ سایت پیش بینی شد.

کلیدواژه ها:

، Insilico ، توالی اسیدآمینه ، گلیکوزیلاسیون ، فسفوریلاسیون