تجزیه و تحلیل RNA-Seq گوجه وحشی مقاوم در پاسخ به بیماری شانکر باکتریایی گوجه فرنگی

بیماری شانکر باکتریایی گوجه فرنگی یکی از مخربترین بیماری های گوجه فرنگی محسوب می شود. با توجه به اهمیت اینبیماری، شناسایی ژن های مرتبط با مقاومت جهت ایجاد ارقام مقاوم ضروری به نظر می رسد. به این منظور، داده های توالی یابیRNA مربوط به شش نمونه برگ گوجه وحشی (Solanum arcanum) مقاوم در پاسخ به عامل شانکر باکتریایی گوجه توسطابزارهای مختلف پلتفرم https://usegalaxy.org) Galaxy) از جمله htseq-count, HISAT۲, Trimmomatic, FastQC وDESeq۲ مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. نتایج حاصل بیان افتراقی ۱۱۷۷ ژن را در ۲۴ ساعت پس از تلقیح با عامل بیماری زا نشان داد. توالی های پروتئینی مربوط به این ژن ها از پایگاه داده ی Ensembl Plants (https://plants.ensembl.org/info/data/ftp/index.html) دریافت و در مقابل توالی عوامل رونویسی موجود در پایگاه داده یbin/itak/index.cgi-http://itak.feilab.net/cgi) iTAK) بلاست شدند. بر اساس نتایج، ۸۹ ژن رمزکننده عامل رونویسی درپاسخ به عامل بیماریزا تغییر بیان نشان دادند که در میان آنها ژنهای Solyc۰۵g۰۰۸۲۳۵ ، Solyc۰۸g۰۸۲۸۹۰ ،Solyc۱۲g۰۴۹۴۰۰ ، Solyc۰۱g۰۹۰۵۶۰ ، Solyc۱۱g۰۱۱۰۳۰ و Solyc۱۲g۰۰۹۲۲۰ دارای بیشترین تغییرات و افزایش بیانبودند. همچنین بررسی آنتولوژی عوامل رونویسی مذکور، نقش ژن های Solyc۱۲g۰۰۹۲۲۰ و Solyc۱۲g۰۴۹۴۰۰ را در پاسخدفاعی به باکتری و نقش ژن Solyc۰۱g۰۹۰۵۶۰ را در سنتز دیواره سلولی گیاهی نشان داد. این عوامل رونویسی به عنوانکاندیدهای بالقوه در پاسخ دفاعی به بیماری شانکر باکتریایی پیشنهاد می شوند.

کلیدواژه ها:

آنتولوژی ژن ، عامل رونویسی ، گوجه فرنگی ، RNA-Seq