شناسایی و ردیابی مولکولی Phytophthora melonis بر اساس ژنوم هسته ای و میتوکندریایی*
محل انتشار: فصلنامه بیماریهای گیاهی، دوره: 53، شماره: 1
سال انتشار: 1396
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 288
فایل این مقاله در 21 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_IJPP-53-1_007
تاریخ نمایه سازی: 18 اسفند 1400
چکیده مقاله:
گونهی بیمارگر گیاهی Phytophthora melonis از نظر ریختشناختی به برخی گونههای بدون پستانک جنس Phytophthora بهخصوص P. drechsleri شباهت دارد وبنابراین تفکیک این آرایههای همگرا دشوار است. این پژوهش به منظور طراحی آغازگرهای اختصاصی P. melonis بر اساس ژنوم هستهای و میتوکندریایی، بررسی اختصاصیت آنها در برابر سایر گونههای همگرا، و بهینهسازی استفاده از این آغازگرها برای ردیابی P. melonis انجام شد. برای طراحی آغازگرهای اختصاصی گونهی P. melonis نه ژن هستهای و چهار ژن میتوکندریایی از نظر تفاوت نوکلئوتیدی مناسب بودند، بنابراین سیزده آغازگر اختصاصی طراحی و خصوصیات آنها بهینه سازی گردید. ردیابی P. melonis با استفاده از پنج جفت از آغازگرهای اختصاصی در بافت مایهزنی شدهی گیاهان میزبان آن شامل خیار، خربزه، هندوانه، چغندرقند و پسته انجام شد. با استفاده از آغازگرهای طراحی شده در واکنش زنجیره ای پلیمراز تودرتو، تا سطح یک درصد مایهی بیماریزا در خاک آلوده و زئوسپورهای بیمارگر تا غلظت۱۰ زئوسپور در میلیلیتر در آب آلوده ردیابی شدند. با بررسی اختصاصیت و حساسیت آغازگرهای طراحی شده، کارامدترین آنها مجموعهی ITS-M۲ (ترکیب آغازگرهای ITS-MF۱ و ITS-MR۲) در نظر گرفته شد. دمای همجوشی بهینه سازی شده برای این مجموعه ۶۸ درجهی سلسیوس بود. به نظر می رسد استفاده از واکنش زنجیرهای پلیمراز تودرتو با استفاده از مجموعهی ITS-M۲ به همراه آغازگرهای عمومی ITS۴ و ITS۶ در نقش آغازگرهای خارجی در حدود ۱۰۶ برابر حساستر از واکنش زنجیرهای پلیمراز مستقیم است. آزمون زنجیرهای پلیمراز چندگانه ی طراحی شده، قادر به ردیابی همزمان سه گونهی بیمارگر شامل P. melonis، P. drechsleri و P. nicotianae بود.آزمایش ها نشان داد که آغازگرهای طراحی شده ابزاری کارآمدی برای ردیابی P. melonis در بافت گیاه، خاک و آب آلوده هستند.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
سیده معصومه ذو الانواری
دانش آموخته کارشناسی ارشد
رضا مستوفی زاده قلمفرسا
استاد بیماری شناسی گیاهی و دانشیار اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی دانشگاه شیراز
علی دادخدایی
دانش آموخته کارشناسی ارشد دانشکده کشاورزی دانشگاه شیراز
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :