بررسی بیوانفورماتیکی پپتیدهای ضدباکتری در پنج گونه پروکاریوت و یوکاریوت و بررسی اثر ضدباکتری نایسین بر باکتری های گرم مثبت و گرم منفی

مقدمه: امروزه، کاربرد گسترده پپتیدهای ضدمیکروبی به شکل نگهدارنده طبیعی به علت عوارض نگهدارنده های مصنوعی (ایجاد سرطان ها و آسیب به کبد در داروها و غذاها) مدنظر قرار گرفته است. مواد و روشها: در پژوهش حاضر، پنج پپتید ضدباکتریایی شامل نایسین A از Lactococcus lactis، ملیتین ازApis mellifera، کوپسین ازCoprinopsis cinerea، ترپن از Erythrolobus australicus و تیونین از Arabidopsis thaliana با تحلیل های بیوانفورماتیکی مطالعه شدند. نتایج: نتایج نشان دادند پپتیدهای بررسی شده در یوکاریوت ها و پروکاریوت مطالعه شده دارای هدف گیری سیتوپلاسمی هستند و در موجودات مختلف محافظت شده نیستند. پپتیدهای بررسی شده ازنظر تعداد مارپیچ های آلفا و صفحه های بتا تنوع داشتند. نتایج درخت فیلوژنتیکی با Mega۵ نشان دادند به غیر از Apis mellifera، چهار گونه دیگر در یک خوشه قرار می گیرند. دومین ها در پنج گونه بررسی شده متفاوت بودند، اما همگی دارای ویژگی های ضدباکتری بودند. پپتیدهای مطالعه شده دامنه متنوعی از ویژگی های فیزیکوشیمیایی را نشان دادند. الگوی جانشینی، مدل جایگزینی و D- Tajima توالی پپتیدهای مطالعه شده نشان داد Apis mellifera در طول تکامل از سایر گونه ها جدا شده است. مدل سازی سه بعدی پپتیدهای بررسی شده به روش همولوژی مدلینگ و با استفاده از پایگاه داده Swiss Model نشان داد ساختار سه بعدی ترپن و تیونین کیفیت زیادی دارد. مراجعه به سایت های peptidecutter و allermatch نشان داد پپتیدهای نایسین A، ملیتین، کوپسین، ترپن و تیونین حساسیت زا نیستند. به منظور تعیین حداقل غلظت کشندگی و حداقل غلظت بازدارندگی از روش دیسک بلانک و روش چاهک گذاری استفاده شد. نتایج بازدارندگی با پپتید نایسین استخراج شده از باکتری لاکتوکوکوس لاکتیس نشان دادند بیشترین هاله بازدارندگی در استافیلوکوکوس اورئوس و اشریشیا کلی به روش چاهک گذاری و دیسک بلانک به ترتیب ۱۹ و ۲۳ میلی متر و ۵ و ۱ میلی متر است. بحث و نتیجهگیری: نتایج نشان دادند نایسین می تواند به شکل نگهدارنده طبیعی برای تاخیر در فاسدشدن مواد غذایی در برابر باکتری های گرم مثبت استفاده شود.

کلیدواژه ها:

تحلیل های بیوانفورماتیک ، پپتیدهای ضدباکتری ، یوکاریوت و پروکاریوت ، حساسیت زایی ، آثار بازدارندگی