تجزیه و تحلیل توالی جدایه های ویروس بیماری نیوکاسل در خاورمیانه بین سالهای ۲۰۱۰ تا ۲۰۲۰

بیماری نیوکاسل به وسیله سویه های بیماریزای ویروس بیماری نیوکاسل ایجاد میشود که این سویه ها باعث عوارض و مرگ و میر بالایی در پرندگان می شوند. به علاوه، درمانی برای این بیماری عفونی وجود ندارد و واکسیناسیون و رعایت برنامه های بهدا شتی بهترین راهکار مقابله با این بیماری هستند. سویه های ویروس نیوکاسل در گردش در یک منطقه جغرافیایی خاص، ویژگیهای متفاوتی با دیگر سویه های مناطق دیگر دارند. بنابراین، یک مطالعه قیاسی ممکن است به فهم ویژگیهای ویروس در یک ناحیه کمک کند. در این را ستا، ما یک مطالعه برای برر سی ویروسهای نیوکاسلی که در سالهای ۲۰۱۰ تا ۲۰۲۰ در منطقه خاورمیانه در گردش بوده ا ند طراحی کردیم. توالی ها از جدا یه های ویروس نیو کاسل که در ) GenBank® مرکز ملی اطلا عات زیست فناوری، آمریکا) ذخیره شده بودند، تهیه شد. در این مطالعه با استفاده از روشهای بیوانفورماتیکی، همسانی، بیماریزایی، فا صله ژنتیکی و فیلوژنتیک مولکولی توالیها مورد بررسی قرارگرفت. نتایج نشان داد که شش کشور هیچ گونه توالی در GenBank® ذخیره نکرده بودند. ایران و مصر کشورهایی بودند که بیشترین همکاری در ثبت توالی های نوکلئوتیدی در GenBank® را تا زمان انجام این مطالعه داشتند. با اختلاف، ژن فیوژن (ژن (F بیشترین تکرار را در بین دیگر توالیهای ژنی ثبت شده داشت. آنالیز توالی نشان داد که ۹۷ تا ۹۹ درصد پوشانندگی در بین توالی های ژنوم کامل ثبت شده از کشورهای مختلف خاورمیانه وجود دارد. این مطلب به اندمیک بودن سویه های در گردش در ناحیه خاورمیانه اشاره دارد. همچنین بررسی فیلوژنتیک، نتایج به دست آمده را مورد تایید قرار داد و نشان داد که بین توالیها فاصله ژنتیکی کمی وجود دارد. نتایج این مطالعه نشان داد سویه های ویروس نیوکا سل که در منطقه خاورمیانه حضور دارند و در GenBank® ثبتشده اند بسیار شبیه هستند . بنابراین، وجود جد مشترک برای سویه های این ناحیه محتمل است. این مطالعه پیشنهاد می دهد که دامنه و سیع تری از توالیهای ژنی و پروتئینی برا ساس الگوهای مهاجرتی پرندگانی که مقصد آنها خاورمیانه ا ست مورد بررسی قرارگیرد.

کلیدواژه ها:

بیوانفورماتیک ، ژن F ، بیماری اندمیک ، فیلوژنتیک ، تایپ بیماری زا