شناسایی و بررسی تنظیم کننده های سرطان کارسینومای سنگفرشی مری با استفاده از آنالیز جامع ترنسکریپتوم

سرطان مری پس از سرطان معده دومین و سومین سرطان شایع به ترتیب در مردان و زنان ایرانی است. سرطان کارسینومای سنگفرشی مری (ESCC) شایع ترین نوع این سرطان میباشد. شناخت مکانیسمهای سلولی و مولکولی دخیل در این نوع از سرطان، کمک شایانی در شناسایی، کنترل و درمان این سرطان کشنده میکند. هدف از مطالعه حاضر، شناسایی ژنهای کلیدی و نقش آنها در این نوع سرطان است. دیتای بیانی مورد نظر برای این مطالعه حاوی ۱۷ نمونه ESCC و ۱۷ نمونه بافت سالم مری با شماره دسترسی GSE۲۰۳۴۷ از دیتابیس GEO انتخاب گردید و بواسطه R script مورد بررسی بیشتر قرار گرفت. با استفاده از GEOquery package ماتریس بیانی ژنها (GSEMatrix) و همچنین Annotation GPL آنها استخراج و نرمال سازی شد. سپس از طریق Limma package پارامترهای آماری adj.P.vlaue<۰.۰۵ و |LogFC| ۱.۵ برای تعیین ژنهایی با اختلاف بیان معنیدار((DEGs اعمال شد که تعداد ۲۲۱ و ۳۲۱ ژن به ترتیب افزایش و اهشک بیان را در نمونه سرطان نشان دادند. در اولین مرحله از آنالیزها، با استفاده از دیتابیسهای GO و KEGG مکانیسمهای سلولی و مولکولی و مسیرهای پیامرسانی مرتبط با DEGs شناسایی شد. در مرحله بعدی لیست فاکتورهای نسخه برداری((TFs و پروتئین کینازهای((PKs حاضر در لیست DEGs به ترتیب با یک مطالعه مروری و دیتابیس X۲K جهت مشخص شدن این نوع از پروتئینها در لیست DEGs تعیین شد. برهمکنش بین سه گروه پروتئینی حاضر در لیست شامل سه مجموعهintermediated proteins, TFs, PKs بواسطه دیتابیس STRING مشخص و رسم آنها در Cytoscape انجام گرفت. همچنین شبکه های ماژول((module-networks حاضر در لیست DEGs و نقش آنها مشخص بررسی گردید. ژنهای FN۱، CDK۱ و AURKA و همچنین FLG، SPRR۱B و IVL به ترتیب در بافت سرطانی و بافت سالم به عنوان ژنهای کلیدی((hub-genes مشخص گردیدند. در نهایت متابولیتهای مرتبط با DEGs از جمله Ursodeoxycholic acid و همچنین microRNAهای برتری که ژنهای سرطانی را هدف قرار میدادند مانند has-mir-۲۹b-۳p به ترتیب با استفاده از HMDB و miRTarbase به دست آمد. مقایسه نتایج به دست آمده با دیگر مطالعات تاییدی بر نتایج حاضر بود.

کلیدواژه ها:

بیوانفورماتیک ، مسیر پیام رسانی ، فاکتور نسخه برداری ، پروتئین کیناز ، متابولیت